มีประวัติการตั้งถิ่นฐานของชาวไทยเชื้อสายมลายูบริเวณภาคกลางของไทยมาช้านาน บ้างก็ตั้งถิ่นฐานมาตั้งแต่ช่วงกรุงศรีอยุธยาซึ่งรับราชการเป็นขุนนางเดิม[1] บ้างก็มาจากการค้าขาย ดังพบว่ามีการใช้ภาษามลายูเป็นภาษากลางสำหรับการติดต่อค้าขายกับประชาคมต่างประเทศ[2] ก่อนอพยพลงมาลุ่มแม่น้ำเจ้าพระยาตอนล่างพร้อมกับมุสลิมกลุ่มอื่น ๆ หลังกรุงศรีอยุธยาถูกพม่าตีแตก[1][3][4] บางส่วนก็สืบสันดานมาแต่บรรพบุรุษเชลยที่ถูกกวาดต้อนจากหัวเมืองแขกอันได้แก่ปัตตานี ไทรบุรี ยะหริ่ง กลันตัน และสตูล ช่วงต้นกรุงรัตนโกสินทร์ในรัชกาลพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลก และในรัชกาลพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว[4][5] รวมทั้งหมด 6 ครั้ง[6] และได้รับโปรดเกล้าให้ตั้งถิ่นฐานบ้านเรือนทั้งในและรอบพระนคร[7] ทั้งนี้ก็เพื่อเพิ่มประชากรในพระนคร และลดกำลังพลของหัวเมืองแขกมิให้ก่อกบฏต่อสยามอีก[4] ทำให้ประชาคมมลายูกลายเป็นชุมชนมุสลิมขนาดใหญ่ของกรุงเทพมหานครมาแต่อดีตจนถึงปัจจุบัน[3]

ในกรุงเทพมหานคร มีกลุ่มชนเชื้อสายมลายู ทั้งกลุ่มแขกเก่า (คือกลุ่มที่อาศัยบริเวณภาคกลางมาแต่เดิม) กับกลุ่มแขกใหม่ที่โยกย้ายมาคราวต้นกรุงรัตนโกสินทร์ ทั้งที่อพยพมาเพื่อค้าขายและถูกกวาดต้อนมา[6] อาศัยอยู่กระจายตัวตั้งแต่สี่แยกบ้านแขก ในฝั่งเขตธนบุรี ทุ่งครุ บางคอแหลม มหานาค พระโขนง คลองตัน มีนบุรี หนองจอก เรื่อยไปจนถึงอำเภอบางน้ำเปรี้ยว จังหวัดฉะเชิงเทรา และยังมีคนเชื้อสายมลายูรอบ ๆ ปริมณฑลด้วย ดังพบในจังหวัดพระนครศรีอยุธยา จังหวัดนครนายก จังหวัดปทุมธานี จังหวัดนนทบุรี จังหวัดสมุทรปราการ จังหวัดอ่างทอง และจังหวัดเพชรบุรี[3][8] ภายหลังได้มีการขยับขยายออกมาทางจังหวัดชลบุรี[4] ซึ่งชาวมลายูบางส่วนมีพัฒนาการด้านภาษา[6] หรือแม้แต่ด้านพิธีกรรมทางศาสนาบางประการต่างจากมาตุภูมิ[7] และอนุชนส่วนใหญ่ถือตนว่าเป็นมุสลิมกรุงเทพฯ เสียมากกว่ามุสลิมเชื้อสายมลายู[9]