หลักฐานทางประวัติศาสตร์และโบราณคดีเกี่ยวกับเกาะไต้หวันมีอยู่ไม่มากนัก เดิมทีเกาะไต้หวันมีชาวพื้นเมืองซึ่งเป็นชาวหมู่เกาะในมหาสมุทรแปซิฟิกอาศัยอยู่มาก่อน สันนิษฐานว่าพวกชาวเกาะมาตั้งถิ่นฐานอยู่ตั้งแต่หมื่นปีมาแล้ว ในขณะที่ชาวจีนเพิ่งอพยพมาจากแผ่นดินใหญ่เข้ามาอยู่ที่ไต้หวันในช่วงคริสต์ศตวรรษที่ 15

ปี พ.ศ. 2060 (ค.ศ. 1517) นักเดินเรือชาวโปรตุเกสแล่นเรือมาถึงเกาะไต้หวันและได้ตั้งชื่อเกาะนี้ว่า เกาะฟอร์โมซา (Formosa; Ilha Formosa) เป็นภาษาโปรตุเกสแปลว่า "เกาะที่สวยงาม (Beautiful Island)"

ในปี พ.ศ. 2167 (ค.ศ. 1624) ชาวดัตช์เข้ามารุกรานและยึดครองเกาะไต้หวัน แล้วตั้งบ้านเมืองขึ้นที่ไถหนาน (Tainan) อีก 2 ปีต่อมา กองเรือสเปนยกกำลังเข้ามาบุกรุกแย่งเกาะไต้หวันไปครอง แต่ชาวดัตช์ได้ต่อสู้แย่งชิงเอาเกาะกลับคืนมาอีกครั้งหนึ่งในปี พ.ศ. 2184 (ค.ศ. 1641)

ในช่วงปี พ.ศ. 2203 (ค.ศ. 1660) จักรพรรดิจีนแห่งราชวงศ์หมิงและราชวงศ์ชิงเริ่มเข้ามามีบทบาทในการครอบครองเกาะไต้หวัน ในที่สุดชาวจีนก็ได้ขับไล่ชาวดัตช์ออกไปจนได้ และผนวกเอาเกาะไต้หวันเข้าไปเป็นดินแดนส่วนหนึ่งของมณฑลฝูเจี้ยน ซึ่งได้กลายเป็นแหล่งพักพิงให้ผู้อยู่อพยพจากจีนที่เข้ามาตั้งถิ่นฐานในเวลาต่อมา

ญี่ปุ่นใช้กำลังแย่งเกาะไต้หวันไปจากจีนในปี พ.ศ. 2438 (ค.ศ. 1895) และได้ยึดครองจนกระทั่งสงครามโลกครั้งที่ 2 ยุติลง ญี่ปุ่นแพ้สงครามและถูกฝ่ายสัมพันธมิตรบังคับให้ยกเกาะไต้หวันคืนให้กับจีน และผลจากสงครามกลางเมืองจีน เมื่อพรรคคอมมิวนิสต์จีนได้รับชัยชนะและเข้ามามีอำนาจในจีนในปี พ.ศ. 2492 (ค.ศ. 1949) พรรคก๊กมินตั๋ง พรรคการเมืองชาตินิยมของจีนที่เป็นฝ่ายแพ้ ก็พาผู้คนอพยพหนีออกจากแผ่นดินใหญ่ มาตั้งหลักที่เกาะไต้หวัน เพื่อวางแผนกลับไปยึดอำนาจในจีนต่อไป

ชาวจีนมากกว่า 1 ล้าน 5 แสนคน อพยพตามมาอยู่ที่เกาะไต้หวันในยุคที่เหมา เจ๋อตงมีอำนาจเต็มที่ในจีนแผ่นดินใหญ่ ผู้นำของประเทศจีนทั้งสองประเทศ คือผู้นำพรรคคอมมิวนิสต์จีนบนแผ่นดินใหญ่ กับผู้นำสาธารณรัฐจีนบนเกาะไต้หวัน ต่างแย่งกันเป็นกระบอกเสียงของประชาชนจีนในเวทีโลก แต่เสียงของนานาประเทศส่วนใหญ่เกรงอิทธิพลของจีนแผ่นดินใหญ่ จึงให้การยอมรับจีนแผ่นดินใหญ่มากกว่า

ในปี พ.ศ. 2514 (ค.ศ. 1971) ก่อนที่นายพล เจียง ไคเช็ก (General Chiang Kaishek) (ภาษาจีน:蔣中正) จะถึงอสัญกรรมไม่กี่ปี สาธารณรัฐจีนซึ่งเป็นประเทศที่ร่วมก่อตั้งองค์การสหประชาชาติ ได้สูญเสียสมาชิกภาพ ในฐานะรัฐบาลตัวแทนของประชาชนชาวจีนให้กับสาธารณรัฐประชาชนจีน ในปี พ.ศ. 2521 (ค.ศ. 1978) สหประชาชาติก็ประกาศรับรองจีนเดียวคือจีนแผ่นดินใหญ่ และตัดสัมพันธ์ทางการเมืองกับสาธารณรัฐจีนบนเกาะไต้หวัน ทั้งสหรัฐอเมริกาก็ได้ถอนการรับรองว่าไต้หวันมีฐานะเป็นรัฐ สถานะทางการเมืองของไต้หวันจึงซับซ้อนยุ่งยากตั้งแต่นั้นเป็นต้นมา แม้เกาะไต้หวันจะปกครองตนเองด้วยระบอบประชาธิปไตย แต่ก็ไม่ได้มีสถานะเป็นประเทศเอกราช และกลายเป็นเกาะที่พรรคคอมมิวนิสต์จีนถือว่า เป็นมณฑลหนึ่งของประเทศสาธารณรัฐประชาชนจีน ซึ่งแค่รอเวลาที่จะกลับมารวมกับจีนแผ่นดินใหญ่อีกครั้ง และพรรคคอมมิวนิสต์จีนยังประกาศอีกว่า หากจำเป็น ก็จะใช้กำลังทางทหารเข้าจัดการ หากไต้หวันประกาศเอกราชแยกจากสาธารณรัฐประชาชนจีน