มณฑลนครศรีธรรมราชตั้งขึ้นในปี พ.ศ. ๒๔๓๙ จากการรวมหัวเมืองชายฝั่งทะเลตะวันออกของภาคใต้ ตั้งแต่เมือง นครศรีธรรมราช ลงไป ที่ว่าการของมณฑลตั้งอยู่ที่เมืองสงขลา หัวเมืองที่รวมอยู่ในมณฑลนี้ในระยะแรก คือก่อน พ.ศ. ๒๔๔๙ มี ๑๐ เมือง คือ นครศรีธรรมราช สงขลา พัทลุง และบริเวณ ๗ หัวเมือง คือ ปัตตานี หนองจิก ยะหริ่ง รามัน สายบุรี ระแงะ และยะลา แต่ครั้นถึงปี พ.ศ. ๒๔๔๙ ได้แยกบริเวณ ๗ หัวเมืองออกไปจัดเป็น มณฑลปัตตานี มณฑลนี้จึงเหลือหัวเมืองในสังกัดเพียง ๓ หัวเมือง ซึ่งในที่นี้จะกล่าวเน้นเฉพาะบริเวณ ๓ หัวเมืองเท่านั้น
ก่อนที่จะจัดตั้งมณฑลเทศาภิบาลทางภาคใต้ รัฐบาลกลางมีแผนการที่จะจัดการปกครองแบบมณฑลเทศาภิบาลทางหัวเทืองภาคใต้ไว้แตกต่างกัน ๒ แผนการ คือ

แผนการที่ ๑ ส่งข้าหลวงใหญ่ที่มีอำนาจบารมีมาก มีความสามารถทางการปกครองสูงและเป็นที่ไว้วางพระราชกฤทัยไปประจำเป็นผู้อำนวยการอยู่ที่เมืองนครศรีธรรมราช แล้วมี ข้าหลวง ระดับรองลงไปประจำที่สงขลา ภูเก็ต และชุมพรแห่งละคน

แผนการที่ ๒ ส่งข้าหลวงออกไป ๓ คน ประจำอยู่ที่ภูเก็ต ปกครองดูแลหัวเมืองชายฝั่งทะเลตะวันตก คนหนึ่งประจำอยู่ที่สงขลา ปกครองดูแลหัวเมืองชายฝั่งทะเลตะวันออกตั้งแต่เมืองนครศรีธรรมราชลงไป จนถึงบริเวณ ๗ หัวเมือง และอีกคนหนึ่งประจำอยู่ที่ชุมพร ปกครองดูแลตั้งแต่ชุมพรลงไปถึงกาญจนดิษฐ์ ข้าหลวงทั้ง ๓ คนมีฐานะเทียบเท่ากันโดยฟังคำสั่งจากกระทรวงมหาไทย

แผนการที่ ๑ ติดขัดที่ตัวบุคคลซึ่งจะไปเป็นข้าหลวงใหญ่จึงต้องดำเนินการตามแผนการที่ ๒ และในขณะนั้นรัฐบาลได้ส่งพระยาทิพโกษา (โต โชติกเสถียร) ไปประจำอยู่ที่ภูเก็ต และส่งพระวิจิตรวรสาสน์ (ปั้น สุขุม) ไปประจำอยู่ที่เมืองสงขลา แล้วคิดจะให้พระยารัตนเศรษฐี (คอซิมก้อง ณ ระนอง) ผู้ว่าราชการเมืองระนอง บุตรคนที่ ๒ ของพระยาดำรงสุจริตกุล (คอซู้เจียง) ต้นตระกูล ณ ระนอง ไปประจำอยู่ที่ชุมพร

พระยาวิจิตรวรสาสน์ (ปั้น สุขุม) ได้รับการแต่งตั้งเป็นข้าหลวงพิเศษลงไปเริ่มจัดราชการในเมืองสงขลา นครศรีธรรมราช และพัทลุงในปี พ.ศ. ๒๔๓๗ ก่อนจัดตั้งเป็นมณฑลนครศรีธรรมราชในอีก ๒ ปีต่อมา

การจัดราชการเมืองสงขลาเริ่มจากการตั้งศาลยุติธรรมแบบใหม่และการแบ่งท้องที่ในเมืองสงขลาออกเป็น ๓ แขวง เพื่อป้องกันและปราบปรามโจรผู้ร้าย คือแขวงกลางหรืออำเภอเมือง แขวงฝ่ายเหนือซึ่งต่อมาคืออำเภอหาดใหญ่ และแขวงปละท่าหรืออำเภอสทิงพระ ตั้งกรมการเมืองออกไปประจำและเริ่มสร้างถนนภายในเมืองสงขลา โดยการรื้อกำแพงเมือง มีการสร้างตลาดของหลวงซึ่งต่อมาคือตลาดทรัพย์สินส่วนพระมหากษัตริย์ในปัจจุบัน ปรับปรุงโรงภาษีและจัดระบบไปรษณีย์ติดต่อระหว่างสงขลากับไทรบุรี พัทลุง และนครศรีธรรมราช

เมืองพัทลุง แต่งตั้งข้าหลวงผู้ช่วยไปชำระคดีที่คั่งค้างพร้อมทั้งจัดแบ่งท้องที่ใหม่เป็นแขวงนายร้อยและนายสิบ ลดจำนวนบ่อนเบี้ย บ่อนไก่ชนลง ยกเลิกการใช้ขื่อคา และนำเอาสูตรนารายณ์ไปใช้ปราบปรามโจรผู้ร้ายบริเวณรอยต่อระหว่างเมืองต่าง ๆ มีการยุบรวมศาลต่าง ๆ ให้เหลือเพียง ๓ ศาล คือ ศาลเพ่ง อาญา และอุทธรณ์ จัดตั้งกรรมการขึ้นมาคณะหนึ่งสำหรับสะสางความเก่า ชำระความใหม่และแบ่งแขวงต่าง ๆ

นอกเหนือไปจากการจัดราชการต่าง ๆ มีการติดตามความเคลื่อนไหวของเจ้าเมืองและกรรมการเมืองอย่างใกล้ชิด มีการทำบัญชีผลประโยชน์เมืองสงขลาแจ้งให้รัฐบาลกลางทราบ ชั่วระยะเวลาเพียงปีกว่าๆ พระวิจิตรวรสาสน์ (ปั้น สุขุม) สามารถจัดราชการเมืองต่าง ๆ ได้ดีเป็นที่พอพระทัยเสนาบดีกระทรวงมหาดไทย ซึ่งได้เสด็จไปตรวจราชการมณฑลนครศรีธรรมราชใช่วงกลางปี พ.ศ. ๒๔๓๙ หลังจากนั้นไม่นานก็โปรดเกล้าฯ ให้จัดตั้งมณฑลนครศรีธรรมราช โดยเลื่อนพระวิจิตรวรสาสน์ (ปั้น สุขุม) เป็นพระยาสุขุมนัยวินิต ข้าหลวงเทศาภิบาลมณฑลนครศรีธรรมราชคนแรก ซึ่งดำรงตำแหน่งระหว่างปี พ.ศ. ๒๔๓๙ - ๒๔๔๙ ต่อจากนั้นก็มีข้าหลวงอีก ๒ คน คือ พระยาชลบุรานุรักษ์ (เจริญ จารุจินดา) พ.ศ. ๒๔๔๙ - ๒๔๕๒ และสมเด็จฯ เจ้าฟ้ากรมหลวงลพบุรีราเมศร์ พ.ศ. ๒๔๕๓ - ๒๔๖๘ งานปฏิรูปมณฑลนครศรีธรรมราชส่วนใหญ่ ดำเนินการแล้วเสร็จในสมัยพระยาสุขุมนัยวินิจ (ปั้น สุขุม) ส่วนสมัยหลัง ๆ เป็นเพียงการทำนุบำรุงรักษาสิ่งที่ได้ก่อสร้างขึ้นในระยะแรก ๆ ซึ่งจากนี้ไปจะกล่าวถึงงานปฏิรูปมณฑลนครศรีธรรมราชในด้านต่างๆ ต่อไป