การค้าทางเรือเจริญขึ้น ทำให้ท่าเรือต่าง ๆ คึกคักไปด้วยการค้า สินค้าส่วนใหญ่เป็นของพื้นเมืองที่มีการแปรรูปโดยกรรมวิธีเก่า ๆ เป็นต้นว่า รังนก กุ้งแห้ง ผ้าพื้น สุกร ดีบุก หนัง เขาสัตว์ เครื่องปั้นดินเผา ส้มตรังกานูจากสงขลา ข้าวเปลือก ข้าวสาร ไต้ ชัน ยาสูล คราม เรือมาดจากนครศรีธรรมราช ข้าวเปลือกและข้าวสารจากพัทลุง การค้าทางเรือเจริฐขึ้นจากการเปิดการค้าเสรี มีการนำเรือกลไฟ มาใช้มากขึ้น มีการติดต่อกับสิงคโปร์ กรุงเทพฯ และตอนใต้ของจีนเป็นประจำ

การเก็บภาษีสามารถเปลี่ยนจากวิธีปณะมูลโดยเจ้าภาษีนายอากร มาเก็บเป็นของหลวงทั้งหมด ในปี พ.ศ. ๒๔๓๙ - ๒๔๔๐ ภาษีที่สำคัญมร ๑๐ กว่าชนิด คือ อากรฝิ่น อากรสุรา อากรบ่อนเบี้ย อากรค่าน้ำเมืองนครศรีธรรมราชและเมืองพัทลุง ภาษีจันอับ ภาษีผลประโยชน์เมืองสงขลา นครศรีธรรมราช และพัทลุง ภาษีดีบุกเมืองนครศรีธรรมราชและเมืองสงขลา ข้าหลวงเทศาภิบาลจะควบคุมการเก็บภาษีเหล่านี้โดยตรง สามารถเก็บได้มากกว่าวิธีประมูลหลายเท่าตัว ค่าธรรมเนียมต่าง ๆ ที่เคยเป็นผลประโยชน์ของเจ้าเมืองและกรรมการเมืองก็ยกเลิกให้ไปเป็นของหลวงทั้งหมด เช่นเดียวกับเงินส่วนรายเฉลี่ยที่เก็บจากไพร่หัวเมือง เงินค่านาข้าหลวใหญ่ข้าหลวงใหญ่จะเข้าไปควบคุมการเก็บโดยตรงแทนที่จมอบให้เจ้าเมือง กรรมการเมือง กำนันไปเก็บอย่างแต่ก่อน อย่างไรก็ตามแม้ภาษีเงินได้ที่เก็บจากราษฎรชาวเมืองนครศรีธรรมราชจะสูงขึ้นอีกหลายเท่าตัวก็ตามแต่ผู้ที่เสวยสุขจากผลผลิตส่วนเกินที่เพิ่มขึ้นนั้น ไม่ใช่ชาวพื้นเมืองแต่กลับเป็นกลุ่มคณาธิปไตยส่วนน้อยในเมืองหลวง เพราะเงินภาษีรายได้เหล่านี้ต้องส่งเป็นเงินรายได้ของรัฐบาลกลาง ๒ ส่วน ใน ๓ ส่วน ไม่กลับมาเอื้อประโยชน์ต่อมณฑลนครศรีธรรมราชเลย