ดำเนินการเหมือนมณฑลอื่นๆ คือจัดตั้งกองมณฑล ขึ้นเป็นคณะผู้ปกครองมณฑลออกเป็นเมือง อำเภอ ตำบล และหมู่บ้าน เมืองนครศรีธรรมราชแบ่งออกเป็น ๙ อำเภอ คืออำเภอกลางเมือง เบี้ยซัด ร่อนพิบูลย์ กลาย สิชล ลำพูน ฉวาง ทุ่งสง และเขาพังไกร เมืองสงขลาแบ่งออกเป็น ๕ อำเภอ คืออำเภอกลางเมือง ปละท่า ฝ่ายเหนือ จะนะ และเทพา เมืองพัทลุงแบ่งออกเป็น ๓ อำเภอ คือ อำเภอกลางเมือง อุดร ทักษิณ รวม ๓ เมือง มี ๑๗ อำเภอ การแบ่งพื้นที่ดำเนินการเสร็จสิ้นในปี พ.ศ. ๒๔๔๐ ภายหลังมีการเปลี่ยนชื่อบางอำเภอตามที่ราษฎรนิยมเรียกกัน เป็นต้นว่า อำเภอเบี้ยซัด เป็นอำเภอปากพนัง อำเภออุดรเป็นอำเภอปากกระ อำเภอทักษิณเป็นอำเภอปากพะยูน อำเภอปละท่าเป็นอำเภอสทิงพระ อำเภอฝ่ายเหนือเป็นอำเภอหาดใหญ่ และในปี พ.ศ. ๒๔๔๙ มีการโอนท้องที่พระแสงและพนมในอำเภอลำพูนไปขึ้นกับเมืองไชยา ในขณะเดียวกันได้มีการทำสัมมะโนครัวด้วย ปรากฏว่าในปี พ.ศ. ๒๔๔๒ มณฑลนครศรีธรรมราชมีนายอำเภอ ๑๗ คน กำนัน ๒๓๒ คน ผู้ใหญ่บ้าน ๒,๖๖๙ คน มีจำนวนครัวเรือน ๗๒,๓๔๓ ครัวเรือน และราษฎรทั้งหมด ๓๒๖,๒๖๖ คน อาศัยอยู่ในเมืองนครศรีธรรมราชร้อยละ ๖๐ สงขลาร้อลละ ๒๙ และพัทลุงร้อยละ ๑๑