พุทธศาสนามหายานแตกเป็นนิกายย่อยๆต่างกันไปในแต่ละประเทศดังนี้

• ในอินเดีย
  • นิกายมัธยมกะ
  • นิกายโยคาจาร
  • นิกายจิตอมตวาท
  • นิกายตันตระ
• ในจีน
  • นิกายโกศะ หรือจวี้เส่อจง
  • นิกายสัตยสิทธิ หรือเฉิงซื่อจง
  • นิกายตรีศาสตร์ หรือซานหลุ่นจง
  • นิกายทศภูมิกะ หรือตี้หลุ่นจง
  • นิกายนิพพาน หรือเนี่ยผ่านจง
  • นิกายสังปริคระศาสตร์ หรือเซ่อหลุ่นจง
  • นิกายสุขาวดี หรือจิ้งถู่
  • นิกายฌาน หรือฉานจง หรือเซน
  • นิกายสัทธรรมปุณฑรีกะ หรือเทียนไถ
  • นิกายซันเฉีย หรือซันเจียเจี้ยว
  • นิกายอวตังสกะ หรือ หัวเหยียน
  • นิกายธรรมลักษณะ หรือ นิกายฝ่าเซียง
  • นิกายวินัย หรือลวื้อจง
  • นิกายเจิ้นเหยียน หรือมนตรยาน หรือวัชรยาน
• ในเกาหลี
  • นิกายซัมนอน หรือนิกายตรีศาสตร์
  • นิกายเกยูล หรือนิกายวินัย
  • นิกายยอนพัล หรือนิกายนิพพาน
  • นิกายฮวาออม หรือนิกายอวตังสกะ
  • นิกายชอนแท หรือนิกายสัทธรรมปุณฑรีกะ
  • นิกายซอน หรือนิกายเซน
  • นิกายแทโก
  • นิกายโชเก
• ในญี่ปุ่น
  • นิกายเทนได
  • นิกายชินกอน หรือชินงอน
  • นิกายโจโด
  • นิกายเซน
  • นิกายนิชิเรน
  • นิกายซานรอน
  • นิกายฮอสโส
  • นิกายเคงอน
  • นิกายริตสุ
  • นิกายกุชา
  • นิกายโจจิตสึ
• ในเวียดนาม
  • นิกายจุ๊กลัม
• ในทิเบต
  • นิกายนิงมะ
  • นิกายกาจู
  • นิกายสักยะ
  • นิกายเกลุก
• ในเนปาล
  • นิกายไอศวาริก
  • นิกายสวาภาวิก
  • นิกายการมิก
  • นิกายยาตริก