ปัจจุบันมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย เปิดทำการเรียนการสอนทั้งในระดับประกาศนียบัตร, ปริญญาบัณฑิต, ประกาศนียบัตรบัณฑิต, ปริญญามหาบัณฑิต และปริญญาดุษฎีบัณฑิต กระจายไปตามสาขาวิชาต่าง ๆ ดังนี้[27]

ระดับปริญญาตรี

หลักสูตรพุทธศาสตรบัณฑิต แบ่งเป็น 4 คณะ ได้แก่

• คณะพุทธศาสตร์ ประกอบด้วย (1) ภาควิชาพระพุทธศาสนา, (2) ภาควิชาศาสนาและปรัชญา และ (3) ภาควิชาบาลีและสันสกฤต
• คณะครุศาสตร์ ประกอบด้วย (1) ภาควิชาจิตวิทยาการศึกษาและการแนะแนว, (2) ภาควิชาบริหารการศึกษา และ (3) ภาควิชาหลักสูตรและการสอน
• คณะมนุษยศาสตร์ ประกอบด้วย (1) ภาควิชาภาษาไทย, (2) ภาควิชาภาษาต่างประเทศ และ (3) ภาควิชาจิตวิทยา
• คณะสังคมศาสตร์ ประกอบด้วย (1) ภาควิชารัฐศาสตร์ (วิชาเอกการปกครอง , วิชาเอกรัฐประศาสนศาสตร์ , วิชาเอกการปกครองระหว่างประเทศ , วิชาเอกการจัดการเชิงพุทธ), (2) ภาควิชาเศรษฐศาสตร์ (3) ภาควิชาสังคมวิทยาและมานุษยวิทยา (4) ภาควิชานิติศาสตร์

ระดับปริญญาโท

หลักสูตรพุทธศาสตรมหาบัณฑิต มีทั้งหมด 19 สาขาวิชา ได้แก่

สาขาวิชาธรรมนิเทศ, สาขาวิชาภาษาศาสตร์, สาขาวิชารัฐประศาสนศาสตร์, สาขาวิชาศาสนาเปรียบเทียบ, สาขาวิชาการจัดการเชิงพุทธ, สาขาวิชาชีวิตและความตาย, สาขาวิชาปรัชญา, สาขาวิชาพุทธจิตวิทยา, สาขาวิชาพุทธศาสตร์ และศิลปะแห่งชีวิต, สาขาวิชาภาษาอังกฤษ (หลักสูตรนานาชาติ), สาขาวิชาการบริหารการศึกษา (คณะครุศาสตร์), สาขาวิชาวิปัสสนาภาวนา, สาขาวิชาการพัฒนาสังคม, สาขาวิชาพระพุทธศาสนา, สาขาวิชาสันติศึกษา, สาขาวิชาบาลีศึกษา, สาขาวิชามหายานศึกษา, สาขาวิชาสันสกฤต และสาขาวิชาหลักสูตรและการสอน (แขนงวิชาการสอนทั่วไป สำหรับผู้ที่มีใบประกอบวิชาชีพครู, สาขาการสอนสังคมศึกษา การสอนภาษาไทย การสอนภาษาอังกฤษ และการสอนพระพุทธศาสนา)

นอกจากนี้มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย มีหลักสูตรพุทธศาสตรมหาบัณฑิต (นานาชาติ) คือ Buddhist Studies, Philosophy และ Mahayana Buddhism

ระดับปริญญาเอก

หลักสูตรพุทธศาสตรดุษฎีบัณฑิต มีทั้งหมด สาขาวิชา ได้แก่ สาขาวิชาพุทธจิตวิทยา, สาขาวิชาบาลีพุทธศาสตร์, สาขาวิชาพุทธบริหารการศึกษา, สาขาวิชาการจัดการเชิงพุทธ, สาขาวิชารัฐประศาสนศาสตร์, สาขาวิชาปรัชญา, สาขาวิชาบาลี, สาขาวิชาพระพุทธศาสนา, สาขาวิชาธรรมนิเทศ, สาขาวิชาศาสนาเปรียบเทียบ, สาขาวิชาวิปัสสนาภาวนา, สาขาวิชามหายานศึกษา, สาขาวิชาการบริหารการศึกษา, สาขาวิชาชีวิตและความตาย, สาขาวิชาสันสกฤต, สาขาวิชาพุทธศาสตร์และศิลปะแห่งชีวิต และสาขาวิชาภาษาศาสตร์