เนื่องจากมหาวิทยาลัยมีพื้นที่กระจัดกระจายตามจุดต่าง ๆ ทั่วเมือง จึงได้จัดให้มีรถบัสยูนิลิงก์ (Unilink) ขึ้นเมื่อ พ.ศ. 2539 ให้บริการแก่นักศึกษา คณาจารย์ เจ้าหน้าที่ และประชาชนทั่วไป ในชั้นแรกมหาวิทยาลัยเป็นผู้ดำเนินการเดินรถเอง[44] นักศึกษา คณาจารย์ เจ้าหน้าที่เมื่อซื้อตั๋วจะได้ส่วนลด และนักศึกษาหอพักจะมีสิทธิ์ใช้รถโดยไม่เสียค่าโดยสารเพิ่มเติม การเดินรถระยะแรกมีสองสาย คือ สายหนึ่งผ่านถนนพอร์ตสวูดไปจนถึงท่าเรือ อีกสายหนึ่งผ่านวิทยาเขตอเวนิว สองปีให้หลังมหาวิทยาลัยจ้างบริษัทเฟิร์สต์เพื่อเดินรถ[45][46] อย่างไรก็ตามเนื่องจากการบริการที่ไม่ดี ในปี พ.ศ. 2544 มหาวิทยาลัยจึงได้จัดตั้งบริษัทเดินรถขึ้นเอง โดยจ้างบริษัทภายนอกมาดำเนินการ ในครั้งแรกบริษัทมิโนวา (Minova) เป็นผู้ดำเนินการ ต่อมาบริษัทมิโนวาถูกซื้อกิจการ ทำให้บริษัทบลูสตาร์ (Bluestar) เข้ามาดำเนินการจนถึงปัจจุบัน

รถบัสยูนิลิงก์มี 4 สาย ในระยะแรกมี 2 สาย คือ U1 เดินระหว่างสนามบินเซาท์แฮมป์ตันถึงท่าเรือเซาท์แฮมป์ตัน และ U2 เดินระหว่างศาลาว่าการเมืองและตำบลบาสเสต (Bassett) ในเวลาต่อมาได้มีการเพิ่มรถอีกสองสายคือ U6 เดินระหว่างโรงพยาบาลกลางเซาท์แฮมป์ตันกับท่าเรือ และ U9 เดินระหว่างมหาวิทยาลัยและหมู่บ้านทางฝั่งตะวันออกของแม่น้ำอิตเชน (River Itchen)

เนื่องจากรถบัสยูนิลิงก์เป็นที่นิยมมากทั้งนักศึกษาและประชาชนทั่วไป โดยเฉพาะสาย U1 ส่งผลให้มีการเพิ่มจำนวนรถมากขึ้น ล่าสุดเมื่อเดือนกันยายน พ.ศ. 2556 บริษัทยูนิลิงก์จัดซื้อรถสองชั้นให้บริการเพิ่มเติมและยกเลิกรถเก่า[47][48]