กลางทางเดินกลางเป็นทางลงชั้นใต้ดินสองข้างนำไปสู่ที่ฝังศพของนักบุญฟรานซิส ที่ฝังศพพบเมื่อ ค.ศ. 1818 หลังจากนักบุญฟรานซิสเสียชีวิตหลวงพี่เอเลียเอาร่างไปซ่อนเพื่อป้องกันการแก่งแย่งร่างของนักบุญไปทั่วยุโรป สมเด็จพระสันตะปาปาปิอุสที่ 9เป็นผู้สั่งให้สร้างห้องใต้ดินภายใต้มหาวิหาร โดยให้พาสคาเล เบลลี (Pasquale Belli) เป็นผู้ออกแบบด้วยหินอ่อนแบบศิลปะฟื้นฟูคลาสสิก แต่มาออกแบบเป็นแบบฟื้นฟูโรมาเนสก์ภายหลังโดยอูโก ทาร์ชิ (Ugo Tarchi) ระหว่าง ปี ค.ศ. 1925 ถึงปี ค.ศ. 1932

โลงหินโบราณที่มัดด้วยเหล็กของนักบุญฟรานซิสวางเด่นอยู่บนแท่นบูชา เมื่อปี ค.ศ. 1934 ก็มีการฝังร่างของภราดาคณะฟรันซิสกันสึ่องค์ในกำแพงรอบแท่นบูชา ต่อมาก็เพิ่มผอบใส่กระดูกของจาโคปา เดอิ เซ็ทเทโซลิ (Jacopa dei Settesoli) ตรงทางเข้า