มหาวิหารนักบุญฟรานซิสแห่งอัสซีซีเป็นส่วนหนึ่งของอารามซาโครคอนเวนโต (Sacro Convento Friary) ตัวไฟรอารีตั้งอยู่ติดกับมหาวิหารโดยเป็นสถาปัตยกรรมแบบโรมาเนสก์ประกอบด้วยซุ้มโค้ง 53 โค้งและค้ำยันที่แข็งแกร่งอยู่บนเนินสูง เมื่อมองจากข้างล่างจะดูเหมือนป้อม ตัวไฟรอารีสร้างด้วยหินสีขาวและชมพูจากภูเขาซูบาซิโอ ไฟรอารีมีไฟรอาร์อาศัยอยู่ตั้งแต่ปี ค.ศ. 1230 มาจนถึงปัจจุบันนี้ การก่อสร้างใช้เวลานานทำให้ลักษณะสถาปัตยกรรมจึงเป็นแบบผสมผสานระหว่างโรมาเนสก์กับกอธิค อาคารส่วนใหญ่สร้างในสมัยสมเด็จพระสันตะปาปาซิกส์ตุสที่ 4 ระหว่างปี ค.ศ. 1474 ถึงปี ค.ศ. 1476

ในปัจจุบันสำนักสงฆ์มีห้องสมุดใหญ่ที่มีหนังสือจากยุคกลาง พิพิธภัณฑ์ที่มีงานศิลปะที่นักแสวงบุญอุทิศให้แก่วัดมาเป็นเวลาหลายร้อยปี รวมทั้งงานศิลปะ 57 ชิ้นที่เป็นศิลปะแบบฟลอเรนซ์และซีเอนาของงานชุดเพอร์คิน (Perkins collection)

หอระฆังสร้างเสร็จเมื่อปี ค.ศ. 1239 เป็นแบบโรมาเนสก์