มีการโต้เถียงกันว่าการขยายมัสยิดอัลฮะรอมอาจจะทำลายสถานที่สำคัญในยุคต้นของศาสนาอิสลาม บางอันมีอายุกว่า 1000 ปี ถูกทำลายเพื่อการขยายตัวอย่างเช่น:[21][22]

• บัยตฺ อัล-เมาลีด (อาหรับ: بَـيْـت الْـمَـوْلِـيْـد‎بَـيْـت الْـمَـوْلِـيْـد‎) บ้านที่มุฮัมหมัดเกิดถูกทำลายแล้วสร้างเป็นห้องสมุด
• ดาร์ อัล-อัรฺกอม (อาหรับ: دَار الْأَرْقَـم‎دَار الْأَرْقَـم‎) โรงเรียนสอนศาสนาอิสลามโรงแรกถูกทำลายแล้วปูกระเบี้อง
• บ้านของอบูญะฮัลถูกทำลายและสร้างเป็นห้องน้ำสาธารณะ
• โดมเหนือบ่อซัมซัมถูกทำลาย
• ซุ้มประตูสมัยออตโตมันกำลังอยู่ในความเสี่ยง