ยุคหินตอนต้น

ถ้ำเนียะฮ์ในซาราวักเป็นแหล่งที่อยู่ของมนุษย์ยุคก่อนประวัติศาสตร์ที่สำคัญ มีมนุษย์อาศัยอยู่เมื่อ 40,000 ปีที่ผ่านมา[1] นักโบราณคดียังอ้างว่ามีเครื่องมือหินอายุเก่ากว่านั้นในหุบเขามันซูลีใกล้ลาฮัดดาตูในซาบะฮ์ แต่ยังไม่ได้ระบุอายุที่แน่นอน[2]

ยุคหินตอนกลาง

ได้มีการศึกษาเกี่ยวกับกลุ่มชนผู้มาใหม่ซึ่งเป็นชาวทะเลมลายูดั้งเดิมจากที่ห่างไกล ซึ่งอพยพจากยูนนานมายังมาเลเซีย ชาวนิกรีโต และชาวพื้นเมืองอื่น ๆ ถูกผู้มาใหม่ผลักดันให้ขึ้นไปอยู่บนภูเขา ในยุคนี้ ประชาชนเรียนรู้ที่จะแต่งตัว ทำอาหาร ล่าสัตว์ด้วยเครื่องมือหินที่ทันสมัยขึ้น ปรับปรุงเทคนิคการติดต่อสื่อสาร

ยุคหินใหม่

พบหลักฐานการตั้งถิ่นฐานในหุบเขาเล็งกงในเปรัก ซึ่งมนุษย์ใช้เครื่องมือหินและตกแต่งด้วยอัญมณี

ยุคสำริด

มีประชาชนเข้ามาตั้งถิ่นฐานมากขึ้น ทั้งชนเผ่าใหม่และชาวทะเลจากที่ห่างไกล คาบสมุทรมลายูกลายเป็นทางผ่านของการค้าทางทะเลในยุคโบราณ ชาวทะเลที่เดินทางมาถึงมีทั้งชาวอินเดีย อียิปต์ ตะวันออกกลาง ชวา และจีน ทอเลมีเรียกคาบสมุทรมลายูว่าคาบสมุทรทองคำ