หลักฐานที่เก่าที่สุดสำหรับการตั้งถิ่นฐานของมนุษย์ยุคแรกในมาเลเซีย พบเมื่อ พ.ศ. 2551 โดยพบขวานหินทำด้วยมนุษย์ในแหล่งประวัติศาสตร์เล็งกง ที่มีอายุย้อนหลังไปได้ 1.83 ล้านปี โครงกระดูกมนุษย์ที่เก่าที่สุดที่พบในคาบสมุทรมลายูคือมนุษย์ผู้ชายเปรักนั้นมีอายุย้อนหลังไป 11,000 ปี และมนุษย์ผู้หญิงเปรักมีอายุย้อนหลังไปได้ 8,000 ปี พบที่เล็งกงเช่นกัน บริเวณนี้เป็นแหล่งผลิตเครื่องมือที่ทำด้วยหิน และยังพบภาพวาดที่ถ้ำตัมบุนที่เปรักด้วย ในมาเลเซียตะวันออก ถ้ำเนียะฮ์ที่ซาราวักเป็นหลักฐานการตั้งถิ่นฐานของมนุษย์ในมาเลเซียย้อนหลังไป 4,000 ปี