ยุคโคฟุง (ญี่ปุ่น: 古墳時代 โรมาจิ: Kofun-jidai) อยู่ในช่วง ค.ศ. 250 - ค.ศ. 538 เมื่อประมาณกลางศตวรรษที่ 4 ชนเผ่าอิสระกลุ่มต่าง ๆ ได้ถูกรวบรวมโดยชนเผ่ายามาโตะ (ญี่ปุ่น: 大和民族 โรมาจิ: Yamato-Minzoku) ขณะเดียวกันสุสานที่มีลักษณะพิเศษเป็นรูปกุญแจก็ถูกสร้างขึ้นทั่วไป ความรู้ และวิทยาการต่าง ๆ จากจีนได้หลั่งไหลเข้ามาเป็นจำนวนมากในสมัยนี้ ในศตวรรษที่ 4 ชนเผ่ายามาโตะได้ขึ้นไปคาบสมุทรเกาหลีและรับเอาวัฒนธรรมการผลิตเครื่องใช้ของภาคพื้นทวีปมา ต่อมาในสมัยศตวรรษที่ 5 ชาวเกาหลีได้นำวิทยาการต่าง ๆ เข้ามา เช่น การผลิตเครื่องโลหะ เครื่องปั้นดินเผา การทอผ้า การถลุงเหล็ก และวิศวกรรมโยธา รวมทั้งมีการเริ่มใช้อักษรคันจิซึ่งเป็นตัวอักษรของจีนด้วย และเมื่อเข้าสู่ศตวรรษที่ 6 ลัทธิขงจื๊อกับศาสนาพุทธก็ได้แพร่หลายเข้ามาในญี่ปุ่นเช่นกันในศตวรรษที่ 7 เจ้าชายโชโตกุ (ญี่ปุ่น: 聖徳太子 โรมาจิ: Shōtoku-taishi) จัดวางระบบการปกครองโดยรวมอำนาจไว้ที่จักรพรรดิตามแบบราชวงศ์สุยกับราชวงศ์ถังของจีนได้สำเร็จเมื่อครั้งปฏิรูปการปกครองไทกะ (ญี่ปุ่น: 大化の改新 โรมาจิ: Taika-no-kaishin) และมีการส่งทูตไปเจริญสัมพันธไมตรีจนถึงปลายศตวรรษที่ 9 ถึงสิบกว่าครั้ง