โบรุสซีอาเมินเชินกลัทบัค

แล้วจากที่เขาได้เลิกเล่นฟุตบอลไปแล้วในปี ค.ศ. 1978 1 ปีให้หลังต่อมา ไฮน์เคิสได้กลับมาอยู่ในวงการฟุตบอลอีกครั้ง โดยเขาได้ออกมายืนยันกับทางสโมสรว่า เขากับภรรยาได้ตัดสินใจกันแล้วว่า เขากับภรรยาและลูกของเขาได้ย้ายบ้านมาอยู่ในเมืองเมินเชนกลัดบัค บ้านเก่าของไฮน์เคิส ภรรยาของเขาบอกไว้ว่า จะให้ไฮน์เคิสทำงานในวงการฟุตบอลต่อ เพื่อความสะดวกสบายของครอบครัวและความสุขของสามี แล้วหลังจากนั้นไฮน์เคิสก็ได้มาเป็นผู้จัดการทีมของโบรุสซีอาเมินเชินกลัทบัค โดยในปีแรก ไฮน์เคิสนำเมินเชนกลัดบัคจบอันดับ 5 ได้ไปเล่นยูโรปาลีกได้ แต่ก็ต้องตกรอบในโซนแบ่งกลุ่ม โดยตั้งแต่ปี ค.ศ. 1980 ถึง ปี ค.ศ. 1987 ไฮน์เคิสไม่เคยนำทีมเมินเชนกลัดบัคจบอันดับที่ต่ำกว่าที่ 6 โดยตลอด แล้วในปี ค.ศ. 1987 ไฮน์เคิสได้ขอลาออกแล้วไปคุมสโมสรฟุตบอลบาเยิร์นมิวนิก

บาเยิร์นมิวนิก (ปี 1989-1991)

ในปี ค.ศ. 1989 ไฮน์เคิสนำทีมเสือใต้ บาเยิร์นมิวนิก คว้าแชมป์บุนเดิสลีกา 2 สมัย และแชมป์เดเอฟอัลซูเปอร์คัพ 1 สมัย แล้วในปี ค.ศ. 1991 ไฮน์เคิสได้ไปคุมอัตเลติกเดบิลบาโอในลาลิกา ประเทศสเปน ต่อ

อัตเลติกเดบิลบาโอ

ในปี ค.ศ. 1992 ไฮน์เคิสได้มาคุมอัตเลติกเดบิลบาโอ ซึ่งเป็นครั้งแรกที่เขามาคุทีมในลาลิกา ประเทศสเปน โดยในปีแรกที่เขาเข้ามาคุม ไฮน์เคิสนำอัตเลติกเดบิลบาโอจบในอันดับที่ 6 แล้วในปีทีสองในการคุมทีม ไฮน์เคิสนำอัตเลติกเดบิลบาโอจบในอันดับที่ 5 แล้วได้พาทีมอัตเลติกเดบิลบาโอไปเล่นในยูฟ่าคัพ เป็นครั้งที่ 12 ของสโมสร แต่เขาก็ขอลาออก หลังจากนั้นไปเขาก็ไปคุมไอน์ทรัคท์ฟรังค์ฟูร์ท สโมสรในประเทศบ้านเกิดของตน

เรอัลมาดริด

ในปี ค.ศ. 1997 ไฮน์เคิสได้ถูกเชิญตัวจากสโมสรฟุตบอลเรอัลมาดริด มานั่งในตำแหน่งผู้จัดการทีมคนใหม่ โดยไฮน์เคิสเริ่มทำผลงานในการคุมทีมของเขาดีขึ้น โดยนำราชันชุดขาวได้แชมป์ยูฟ่าแชมเปียนส์ลีก ได้ในปี ค.ศ. 1997 โดยชนะสโมสรฟุตบอลยูเวนตุสจากประเทศอิตาลี ไปได้ 1-0 และได้แชมป์ซูเปร์โกปาเดเอสปัญญา โดยชนะสโมสรฟุตบอลบาร์เซโลนา คู่แข่งประจำประเทศไป 5-3

ชัลเก 04

ในปี ค.ศ. 2003 ไฮน์เคิสได้ย้ายมาคุมชัลเก 04 ในบุนเดิสลีกา ประเทศเยอรมนี โดยครั้งนี้ไฮน์เคิสนำทีมชัลเก 04 ได้แชมป์ยูฟ่าอินเตอร์โตโตคัพ 2 สมัยติดกัน โดยในปี ค.ศ. 2003 ชนะเอสเฟาพาชิงจากประเทศออสเตรีย ไปได้ 2-0 และในปี ค.ศ. 2004 ชนะสโลวาน ลิเบอร์เรซ จากสาธารณรัฐเช็ก ไปได้ 3-1