เป็นระบบขนส่งมวลชนทางราง ที่มีรูปแบบการเดินรถของการรถไฟแห่งประเทศไทยในปัจจุบัน ได้แก่ ขบวนรถไฟทางไกล รถชานเมือง และรถสินค้า ที่ลากจูงด้วยหัวรถจักรดีเซล เดินรถร่วมกับระบบรถไฟฟ้าชานเมือง โดยติดตั้งระบบการป้องกันขบวนรถอัตโนมัติ (Automatic Train Protection – ATP) เพิ่มเติมเพื่อให้ขบวนรถทั้งสองระบบเดินรถร่วมกันได้อย่างมีประสิทธิภาพและปลอดภัย