อุบัติเหตุ

• วันที่ 17 มกราคม พ.ศ. 2548 หลังจากเปิดบริการได้ 7 เดือน เกิดอุบัติเหตุที่สถานีศูนย์วัฒนธรรมแห่งประเทศไทย สาเหตุเกิดจากรถไฟฟ้าขบวนหนึ่งได้เคลื่อนขึ้นไปที่ศูนย์ซ่อมบำรุงบนระดับพื้นดิน (ศูนย์ช่อมบำรุงอยู่ระหว่างสถานีศูนย์วัฒนธรรมแห่งประเทศไทยและสถานีพระราม 9) แต่เกิดปัญหารถไฟฟ้าขัดข้องที่บริเวณทางโค้ง (เป็นบริเวณจุดสับราง) ก่อนถึงด้านบน ทางศูนย์ฯ จึงได้ส่งรถไฟฟ้าอีกขบวนหนึ่งมาช่วยลากรถ แต่เนื่องจากรถไฟฟ้าที่เสียนั้นอยู่บริเวณจุดสับราง จึงไม่สามารถทำการลากรถได้ ทางศูนย์ฯ จึงได้สั่งให้พนักงานขับรถปล่อยเบรกลมออกเพื่อให้รถเคลื่อนที่ออกจากบริเวณจุดสับราง แต่ปรากฏว่าตัวรถเกิดไหลย้อนกลับลงไปในสถานีศูนย์วัฒนธรรมแห่งประเทศไทย ในขณะเดียวกันมีรถไฟฟ้าอีกขบวนหนึ่งกำลังจอดรับผู้โดยสารอยู่ในสถานีฝั่งมุ่งหน้าไปสถานีพระราม 9 ระบบอัตโนมัติได้ปิดประตูรถไฟฟ้าเพื่อเตรียมออกสู่สถานีพระราม 9 แต่รถกลับไม่สามารถออกจากสถานีได้โดยไม่ทราบสาเหตุ ในเวลาไม่กี่นาทีรถไฟฟ้าที่มีผู้โดยสารจึงถูกรถไฟฟ้าที่ไหลมาจากด้านบนชนประสานงา ทำให้มีผู้โดยสารรวมถึงพนักงานประจำสถานีบาดเจ็บเป็นจำนวนมาก แต่ไม่มีผู้เสียชีวิต และขบวนรถได้รับความเสียหายทั้ง 2 ขบวน หลังจากเหตุการณ์นั้นทาง การรถไฟฟ้าขนส่งมวลชนแห่งประเทศไทย และ บริษัท รถไฟฟ้ากรุงเทพ จำกัด (มหาชน) ได้ออกประกาศหยุดบริการเป็นเวลา 1 สัปดาห์ เพื่อนำขบวนรถที่ชนกันกลับไปซ่อมแซมที่โรงงานบริษัทซีเมนส์และฟื้นฟูสภาพชานชาลาของสถานี พร้อมรับผิดชอบความเสียหายให้กับผู้โดยสารที่ได้รับบาดเจ็บ

• วันที่ 19 พฤษภาคม พ.ศ. 2553 สถานีคลองเตย, สถานีศูนย์การประชุมแห่งชาติสิริกิติ์, สถานีหัวลำโพง และ สถานีสามย่าน เกิดการลักลอบวางเพลิง ทำลายทรัพย์สินภายในสถานีของบริเวณทางเข้าสถานี[8] เจ้าหน้าที่ตรวจพบระเบิดภายในสถานี อย่างไรก็ตามความเสียหายที่พบอยู่เพียงแค่ชั้นจำหน่ายตั๋วเท่านั้น ไม่ลุกลามถึงชั้นชานชาลา
  

• วันที่ 19 เมษายน พ.ศ. 2555 สถานีพระราม 9, สถานีศูนย์วัฒนธรรมแห่งประเทศไทย และสถานีพหลโยธิน ระบบเสียหายขัดข้องจำเป็นต้องทำการซ่อมบำรุงซึ่งแม้ว่าจะทำการซ่อมบำรุงแล้วตั้งแต่ก่อนเปิดใช้งาน แต่งานซ่อมบำรุงไม่สามารถเสร็จได้ทันเวลาเปิดให้บริการผู้โดยสารในเวลา 06.00 น.จึงทำให้เกิดเหตุรถไฟฟ้าล่าช้า ผู้โดยสารที่จะเดินทางจากสถานีหัวลำโพงไปยังสถานีบางซื่อ ต้องเปลี่ยนขบวนรถถึง 3 สถานี ได้แก่ สถานีพระราม 9, สถานีศูนย์วัฒนธรรมแห่งประเทศไทย และสถานีพหลโยธิน โดยมีระยะเวลาเฉลี่ยต่อการต่อขบวนรถ 21 นาที [9] การแก้ไขปัญหาทั้งหมดแล้วเสร็จในเวลา 09.34 น.

ภัยธรรมชาติ

ในช่วงเดือนกันยายน-เดือนตุลาคม พ.ศ. 2554 ได้เกิดเหตุน้ำท่วมขึ้นในหลายจังหวัดรวมไปถึงกรุงเทพมหานคร โดยเมื่อมวลน้ำเริ่มเข้ามาถึงบริเวณท่าอากาศยานดอนเมือง การรถไฟฟ้าขนส่งมวลชนแห่งประเทศไทย จึงดำเนินการติดตั้งผนังเหล็กกั้นน้ำ ความสูง 1.8 เมตรในทุกทางเข้าออกของสถานี รวมถึงปิดทางเข้า-ออกในบางจุดเพื่อติดตั้งผนังเหล็กกั้นน้ำเพิ่มเติม โดยขณะเดียวกันก็ยังคงเปิดให้บริการตามปกติ จนกระทั่งน้ำท่วมใน เขตบางเขน, เขตจตุจักร และ เขตดินแดง มีความรุนแรงมากขึ้น ทำให้ สถานีบางซื่อ, สถานีกำแพงเพชร, สถานีสวนจตุจักร, สถานีพหลโยธิน, สถานีลาดพร้าว และ สถานีรัชดาภิเษก กลายเป็นพื้นที่เสี่ยงน้ำท่วมระบบ ซึ่งในระหว่างนั้น การรถไฟฟ้าขนส่งมวลชนแห่งประเทศไทย ได้ส่งเจ้าหน้าที่รักษาความปลอดภัยเข้าตรวจสอบระดับน้ำบริเวณผิวถนนทุกวัน โดยถ้าหากน้ำมีความสูงเกิน 2 ขั้นบันไดจากพื้นถนน เจ้าหน้าที่ก็จะลงมาสั่งให้บริษัท รถไฟฟ้ากรุงเทพ จำกัด (มหาชน) ปิดสถานีและงดการให้บริการในสถานีดังกล่าวทันที

ทั้งนี้สถานการณ์ไม่ได้เลวร้ายลงถึงขั้นต้องยุติการให้บริการชั่วคราว เนื่องจากกรุงเทพมหานครได้ลงตรวจสอบพื้นที่และพบว่าบริเวณคลองบางเขนมีเสาหินที่เกิดจากการรุกล้ำที่ดินขวางทางระบายน้ำลงอุโมงค์ระบายน้ำใต้ดินออกสู่อ่าวไทย ทางกรุงเทพมหานครจึงได้ดำเนินการรื้อถอนเสาหินออกทั้งหมด ทำให้มวลน้ำไม่กระจายเข้าพื้นที่ตัวเมืองชั้นใน และทำระดับน้ำเริ่มลดลงจนแห้งสนิทในวันที่ 15 พฤศจิกายน พ.ศ. 2554 ซึ่งหลังจากเหตุการณ์สงบลง การรถไฟฟ้าขนส่งมวลชนแห่งประเทศไทย จึงเริ่มดำเนินการรื้อผนังกั้นน้ำออก และเปิดทางเข้าออกตามปกติ

เหตุการณ์อื่นๆ

• วันที่ 9 ตุลาคม พ.ศ. 2554 รถไฟฟ้ามหานคร สายเฉลิมรัชมงคล ประกาศปิดทางเข้าออกในบางทางที่ สถานีพระราม 9 และสถานีบางซื่อ เพื่อทำผนังกั้นน้ำสำหรับเตรียมพร้อมหากเกิดอุทกภัยในกรุงเทพมหานครซึ่งคาดว่าจะเกิดขึ้น [10]
• วันที่ 4 เมษายน พ.ศ. 2555 รถไฟฟ้ามหานคร สายเฉลิมรัชมงคล ประกาศใช้มาตรการการรักษาความปลอดภัยขั้นสูงสุดอาทิเช่นการตรวจกระเป๋าทุกใบโดยไม่มีข้อยกเว้น การตรวจรถยนต์อย่างละเอียดทุกคันและตรวจสิ่งของภายในฝากระโปรงรถที่เข้าสู่อาคารจอดรถทุกคัน ภายหลังเหตุการณ์ความรุนแรงจากระเบิดติดรถที่โรงแรมลีการ์เด้นส์ พลาซ่า อำเภอหาดใหญ่ จังหวัดสงขลา และสี่แยกจงรักษ์ ถนนสายรวมมิตร เขตเทศบาลนครยะลา
• วันที่ 13 มกราคม พ.ศ. 2557 รถไฟฟ้ามหานคร สายเฉลิมรัชมงคล ประกาศใช้มาตรการรองรับจำนวนผู้โดยสารจำหน่ายคูปองแทนเหรียญโดยสารเพิ่มเติม เนื่องจากผู้โดยสารมีจำนวนมาก
• วันที่ 2 เมษายน พ.ศ. 2563 รถไฟฟ้ามหานคร สายเฉลิมรัชมงคล ประกาศปรับเวลาปิดให้บริการเวลาจากเดิมเป็น 21.30 น. ตามข้อกำหนดออกตามความในมาตรา ๙ แห่งพระราชกำหนดการบริหารราชการในสถานการณ์ฉุกเฉิน พ.ศ. 2548 (ฉบับที่ 2) ลงวันที่ 2 เมษายน พ.ศ. 2563 โดยรถไฟฟ้าขบวนสุดท้ายจะออกจากสถานีปลายทางท่าพระ (ชานชาลา 3-4) 20.07 น. และจากสถานีปลายทางหลักสอง 20.11 น. (ขบวนสุดท้ายเชื่อมสายสีม่วงจะออกจากสถานีปลายทางหลักสอง 19.52 น. และจากสถานีปลายทางท่าพระ (ชานชาลา 3-4) 20.30 น.)