ในประวัติศาสตร์ ลัทธิชินโต "ไม่มีประมวลจรรยาบรรณพิเศษและมองว่าการมีเพศสัมพันธ์นั้นเป็นปรากฏการณ์ธรรมชาติที่สามารถแสวงหาความสุขได้ด้วยการหักห้ามใจเล็กน้อย"[5] ขณะที่ความเชื่อของลัทธิชินโตนั้นเปิดกว้างและไม่ได้ประณามรักร่วมเพศ[5] มีการอ้างอิงทางวรรณกรรมอย่างไม่ชัดเจนถึงการรักเพศเดียวกันปรากฏในแหล่งอ้างอิงโบราณอย่างเทวตำนานญี่ปุ่น[5] แต่การอ้างอิงดังกล่าวน้อยเกินไปจนไม่น่าเชื่อถือ อย่างไรก็ตาม การเปิดเผยตัวตนว่ามีความรักร่วมกับเพื่อนเพศเดียวกันนั้นเป็นเรื่องปกติ[6]

ในยุคเฮอัง (ประมาณคริสต์ศตวรรษที่ 11) เริ่มมีแหล่งอ้างอิงที่กล่างถึงรักร่วมเพศมากยิ่งขึ้น ยกตัวอย่างเช่น ตำนานเก็นจิ เขียนขึ้นในต้นคริสต์ศตวรรษที่ 11 ผู้ชายมักมีความรู้สึกร่วมกับความสวยงามของเยาวชน ในฉากหนึ่ง พระเอกปฏิเสธสตรีและหลับนอนกับน้องชายของเธอแทน: "เก็นจิฉุดชายหนุ่มลงนอนข้างกายเขา ... เก็นจิ [...] มองว่าผู้ชายมีความน่าดึงดูดมากกว่าพี่สาวที่แสนเย็นชาของเขา"[7] นอกจากนี้ยังมีอนุทินในยุคเฮอังหลายเล่มที่ปรากฏการอ้างอิงถึงพฤติกรรมรักร่วมเพศ บางส่วนปรากฏการอ้างอิงจักรพรรดิมีส่วนในความสัมพันธ์รักร่วมเพศกับ "หนุ่มหล่อที่ถูกกักขังไว้เพื่อจุดประสงค์ทางเพศ"[8]

ขณะที่ประเทศญี่ปุ่นเริ่มเข้าสู่ยุคเมจิ กระแสต่อต้านรักร่วมเพศแข็งแรงขึ้นในภาพรวม กระทรวงยุติธรรมผ่านกฎหมายการชำเราแบบวิตถารใน ค.ศ. 1873 ส่งผลให้พฤติกรรมรักร่วมเพศผิดกฎหมาย[1] การเรียนการสอนเพศวิทยาที่ได้รับความนิยมขณะนั้นถูกวิจารณ์[9] ช่วงเวลาอันสั้นครั้งเดียวที่มีการห้ามการชำเราแบบวิตถารในรักร่วมเพศ (การร่วมเพศทางทวารหนัก) คือใน ค.ศ. 1872–1880 เนื่องจากอิทธิพลตะวันตก[10][11]

รัฐธรรมนูญฉบับปัจจุบันของประเทศญี่ปุ่นซึ่งเขียนในระหว่างการยึดครองของอเมริกันให้คำนิยามของการแต่งงานว่าเป็นความสัมพันธ์ระหว่างชาย–หญิงโดยเฉพาะ[12] ในความพยายามที่จะหลีกเลี่ยงข้อกำหนดในการแต่งงาน คู่เกย์บางคู่หันไปพึ่งระบบการรับผู้ใหญ่เป็นบุตรบุญธรรมซึ่งเป็นอีกหนึ่งวิธีที่จะเป็นครอบครัวเดียวกัน[12] ด้วยวิธีนี้ ฝ่ายที่แก่กว่าจะรับฝ่ายที่เด็กว่าเป็นบุตรบุญธรรมซึ่งจะทำให้พวกเขาเป็นครอบครัวตามกฎหมาย อีกทั้งยังได้รับผลประโยชน์เดียวกันที่ครอบครัวปกติได้รับ เช่น นามสกุลเดียวกันและมรดก[12] ในที่ทำงาน ไม่มีการให้ความคุ้มครองการต่อต้านการเลือกปฏิบัติพนักงานที่มีความหลากหลายทางเพศ[12]

การแต่งงานกับเพศเดียวกันยังไม่ถูกกฎหมายในระดับชาติ ศาลแขวงชิบูยะในโตเกียวผ่านร่างใบรับรองความเป็นคู่ชีวิตเพศเดียวกันใน ค.ศ. 2015 เพื่อ "ออกใบรับรองให้แก่คู่รักเพศเดียวกันที่ยอมรับว่าเป็นคู่ชีวิตเฉกเช่นกับผู้ที่แต่งงานภายใต้กฎหมาย"[13] ในเดือนมีนาคม ค.ศ. 2021 ศาลแขวงซัปโปโระให้คำวินิจฉัยว่ากฎหมายการห้ามแต่งงานเพศเดียวกัน ค.ศ. 1984 นั้นขัดแย้งกับรัฐธรรมนูญ[14] อย่างไรก็ตาม ในเดือนมิถุนายน ค.ศ. 2022 ศาลแขวงโอซากะอ่านคำพิพากษาแย้งว่าการห้ามแต่งงานเพศเดียวกันนั้นเป็นไปตามรัฐธรรมนูญ[15]