ขบวนการร่วมเพื่อเอกราชปัตตานี

เป็นการรวมตัวขององค์กรที่ต่อสู้เพื่อเอกราชของปัตตานี 4 องค์กรคือ ขบวนการแนวร่วมปลดแอกแห่งชาติปัตตานี ขบวนการแนวร่วมปฏิวัติแห่งชาติมลายูปัตตานี มูจาฮีดีนอิสลามปัตตานีและพูโลใหม่ เมื่อ 31 สิงหาคม พ.ศ. 2532 เพื่อรวมการต่อสู้ให้เป็นไปในทิศทางเดียวกัน ประธานคนแรกคือ ดร. วาห์ยุดดิน มูฮัมหมัด ส่วนประธานคนปัจจุบันคือ ดร. วันมะเดร์ เจ๊ะเมาะ

ขบวนการแนวร่วมปฏิวัติแห่งชาติมลายูปัตตานี

ก่อตั้งเมื่อ 13 มีนาคม พ.ศ. 2503 โดยอุสตาซ อับดุลการิม ฮัสซัน กลุ่มนี้วางแผนก่อเหตุจับตัวผู้ว่าราชการจังหวัดในวันฮารีรายอ 18 มีนาคม พ.ศ. 2504 แต่เจ้าหน้าที่สืบทราบล่วงหน้าจึงถูกจับกุม โดยหะยีอามีน โต๊ะมีนา บุตรชายของหะยีสุหลง อับดุลกาเดร์ ถูกจับกุมด้วย และถูกจำคุกจนถึง พ.ศ. 2508 เมื่อพ้นโทษ หะยีอามีนจึงลี้ภัยไปอยู่มาเลเซียจนเสียชีวิต

บีอาร์เอ็นมีความเข้มแข็งมากใน พ.ศ. 2511 ได้จัดตั้งหน่วยทหารใช้ชื่อว่า กองกำลังติดอาวุธปลดแอกอิสลามปัตตานี เคลื่อนไหวอยู่ในแถบ อ.ศรีสาคร จังหวัดนราธิวาส ต่อมา แตกออกเป็น 3 กลุ่ม

คณะทำงานเพื่อเอกราชปัตตานี

คณะทำงานเพื่อเอกราชปัตตานี (มลายู: Komiti Bertindak Kemerdekaan Patani; KBKP) เป็นกลุ่มเคลื่อนไหวที่จัดตั้งที่กัวลาลัมเปอร์ มาเลเซีย เมื่อเดือนกรกฎาคม พ.ศ. 2538 โดยนักวิชาการและขบวนการแบ่งแยกดินแดนบางกลุ่ม จุดมุ่งหมายหลักคือเป็นหน่วยงานเพื่อรองรับการเจรจากับรัฐบาลไทย สมาชิกมีทั้งที่เป็นและไม่เป็นสมาชิกเบอร์ซาตู อีกองค์กรหนึ่งที่มีบทบาทคล้ายกันคือ คณะกรรมการเจรจาเพื่อประชาชนมลายูปัตตานี (มลายู: Komiti Perundingan Rakyat Melayu Patani; KPRMP)

มูจาฮีดีนอิสลามปัตตานี

มูจาฮีดีนอิสลามปัตตานี (มลายู: Gorakan Mujahideen Islam Patani; GMIP) คาดว่าจัดตั้งขึ้นโดยกลุ่มคนในพื้นที่ที่เข้าไปร่วมรบกับมูจาฮีดีนในอัฟกานิสถาน จัดตั้งโดย เจะห์กูแม กูเตะห์ เมื่อราว พ.ศ. 2538 โดยแยกตัวมาจากขบวนการมูจาฮีดีนปัตตานี ที่แยกตัวมาจากขบวนการแนวร่วมปลดแอกแห่งชาติปัตตานี (บีเอ็นพีพี) อีกทีหนึ่ง ขบวนการมูจาฮีดีนปัตตานี ได้สลายตัวไปรวมกับเบอร์ซาตูเพราะการเคลื่อนไหวไม่ประสบความสำเร็จ ส่วนหนึ่งจึงแยกออกมาตั้งมูจาฮีดีนอิสลามปัตตานี

ตามข่าวของทางการไทย เชื่อว่าองค์กรนี้มีที่ตั้งอยู่ในรัฐตรังกานู มาเลเซีย ไม่ทราบรูปแบบที่ชัดเจน แต่มีบทบาทในการก่อการร้าย โดยเฉพาะการก่อวินาศกรรมในเมือง รายงานข่าวของ Jane Intelligence Review ระบุว่า ผู้นำขององค์กรนี้มีความสัมพันธ์กับขบวนการก่อการร้ายในมาเลเซีย คือ กุมปูลัน มีลีตัน มาเลเซีย (Kumpulan Militan Malaysia; KMM) ซึ่งเป็นอดีตนักรบมูจาฮีดีนในอัฟกานิสถานด้วยกัน

สมัชชาประชาชาติมลายูปัตตานี

สมัชชาประชาชาติมลายูปัตตานี (มลายู: Majis Permesyunatan Rakyat Melayu Patani; MPRMP) เป็นองค์กรที่เกิดขึ้นจากการประชุมร่วมของเบอร์ซาตู คณะทำงานเพื่อเอกราชปัตตานี และคณะกรรมการเจรจาเพื่อประชาชนมลายูปัตตานี เมื่อ 15 มิถุนายน พ.ศ. 2540 สำนักงานใหญ่อยู่ที่ฮัมบวร์ค ประเทศเยอรมนี มีจุดประสงค์หลักเพื่อรวมการต่อสู้ขององค์กรต่างๆให้มีประสิทธิภาพ เพิ่มอำนาจต่อรองกับรัฐบาลไทย เน้นการต่อสูตามหลักศาสนา และพยายามยกระดับองค์กรขึ้นเป็นรัฐบาลพลัดถิ่นของรัฐปัตตานี และกำหนดให้ 15 มิถุนายนเป็นวันชาติปัตตานี แต่ไม่ได้รับการยอมรับ

โครงสร้างองค์กรประกอบด้วย สภาอูลามาหรือผู้ทรงคุณวุฒิ สภาซูรอหรือสภาจัดทำนโยบาย และคณะกรรมการบริหาร การเคลื่อนไหวเน้นการเคลื่อนไหวทางการเมืองและการโฆษณาชวนเชื่อ ยังไม่มีรายงานเกี่ยวกับการปฏิบัติการด้วยอาวุธ

องค์กรปลอดปล่อยสหปัตตานี

ก่อตั้งเมื่อ 22 มกราคม พ.ศ. 2511 โดยตวนกูบีรอ กอตอนีลอ หรือ อดุลย์ ณ วังคราม บัณฑิตจากอินเดีย ได้รวมเพื่อนๆ จัดตั้งองค์กรนี้ที่ซาอุดิอาระเบีย การดำเนินงานในระยะแรกเน้นการปลุกระดมมวลชนโดยมีกลุ่มเป้าหมายที่ผู้นำศาสนาและผู้นำท้องถิ่น

พูโลจัดตั้งกองกำลังติดอาวุธสำเร็จเมื่อ พ.ศ. 2519 ผู้นำกองกำลังที่สำคัญมีหลายคน เช่น หะยียูโซะ ปากีสถาน และหะยีสะมะแอ ท่าน้ำ มีการส่งเยาวชนไปฝึกวิชาทหารและการก่อวินาศกรรมที่ลิเบียและซีเรีย องค์กรเริ่มมีปัญหาจากการปราบปรามของรัฐและนโยบายใต้ร่มเย็นในช่วงหลัง จน พ.ศ. 2525 จนนำไปสู่การแตกแยกภายในองค์กร

องค์กรเยาวชนกู้ชาติปัตตานี

องค์กรเยาวชนกู้ชาติปัตตานี (มลายู: Penya Merdaka Patani) ก่อตั้งเมื่อ พ.ศ. 2544 โดยได้รับการสนับสนุนจากกลุ่มขบวนการแนวร่วมปฏิวัติแห่งชาติมลายูปัตตานี โดยสมาชิกที่เป็นผู้ทรงคุณวุฒิทางศาสนาจะอบรมเยาวชนตามโครงการเยาวชนกู้ชาติปัตตานี เพื่อทำการรบแบบกองโจร ใช้การแฝงตัวเข้าไปในมัสยิด ปอเนาะ และโรงเรียนตาดีกา เพื่ออำพรางสถานภาพของการปฏิบัติงาน นอกจากนั้นยังดำเนินงานโดยการทิ้งใบปลิว การข่มขู่ทั้งทางจดหมายและโทรศัพท์ไม่ให้ร่วมมือกับเจ้าหน้าที่รัฐ และการโฆษณาชวนเชื่อทางอินเทอร์เน็ต