นับตั้งแต่ขงจื๊อเริ่มรวบรวมตำราและคัมภีร์โบราณได้ห้าเล่ม คือ ซือจิง หรือคัมภีร์กวีนิพนธ์ ซูจิงหรือประวัติศาสตร์โบราณ หลี่จี้ หรือบันทึกว่าด้วยธรรมเนียมประเพณี อี้จิงหรือคัมภีร์ว่าด้วยการเปลี่ยนแปลงและชุนชิว หรือประวัติศาสตร์สมัยชุนชิว แล้วได้ตั้งสำนักวิชาให้การศึกษาแก่ประชาชน หลังขงจื๊อเสียชีวิตไปแล้ว เม่งจื๊อหรือเมิ่งจื่อ กลายเป็นนักคิดคนสำคัญของสำนักวิชาขงจื๊อหรือหยู เม่งจื๊อได้สังเคราะห์แนวคิดจากคัมภีร์ทั้งห้า ที่เน้นเสนอแนะให้ผู้ปกครองยึดมั่นคุณธรรมและสันติวิธี ยุติศึกสงครามที่กำลังดำเนินอยู่และเดินทางไปเสนอความเห็นแก่ผู้ปกครองในอาณาจักรต่าง ๆ แต่ไม่ประสบความสำเร็จนัก ความคิดสำคัญของเม่งจื๊อคือความเชื่อในความดีงามตามธรรมชาติของมนุษย์ การส่งเสริมการศึกษาและยังเสนอว่าผู้ปกครองต้องมีคุณธรรมเหนือกว่าประชาชน อีกทั้งประชาชนพึงเคารพนับถือผู้ปกครองที่มีคุณธรรม หากผู้ปกครองไร้คุณธรรม การล้มล้างเป็นสิ่งที่ชอบธรรม

นักคิดคนสำคัญอีกคนของสำนักขงจื๊อคือซุนจื๊อหรือสวินจื่อ ซึ่งเสนอให้อบรมสั่งสอนผู้คนให้มีคุณธรรมเคร่งครัด โดยเห็นว่าธรรมเนียมประเพณีเป็นเครื่องมือสำคัญที่ทำให้มนุษย์มีคุณธรรมมากขึ้น ซุนจื๊อเชื่อว่า "มนุษย์มีธรรมชาติที่ชั่วร้ายเป็นพื้นฐาน" ทำให้ต้องมีการควบคุมและอบรมสั่งสอนให้ยึดมั่นคุณธรรมอย่างจริงจัง

นักคิดและปัญญาชนสำนักวิชาขงจื๊อกลับถูกปราบปรามกวาดล้างครั้งใหญ่ในสมัยราชวงศ์ฉินหรือจักรพรรดิจิ๋นซี ในเหตุการณ์ "เผาตำรา ฝังบัณฑิต" เพราะเห็นว่าปัญญาชนขงจื๊อต่อต้านการปกครองและวิพากษ์วิจารณ์รัฐบาลว่าไร้คุณธรรม อย่างไรก็ตาม ลัทธิขงจื๊อได้รับการฟื้นฟูและมีบทบาทอีกครั้งในสมัยราชวงศ์ฮั่น (206 ปีก่อน ค.ศ.- ค.ศ. 220) และกลายเป็นลัทธิคำสอนที่มีอิทธิพลต่อการเมืองการปกครองของจีนมากที่สุด รวมถึงได้รับการส่งเสริมให้แพร่หลายในสังคมในฐานะหลักในการดำเนินชีวิตของผู้คน คัมภีร์และตำราของสำนักวิชาขงจื๊อกลายเป็นตำราเรียนและวิชาหลักของชาวจีนตั้งแต่โบราณจนถึงคริสต์ศตวรรษที่ 19