ลิสบอนมีประวัติศาสตร์มาตั้งแต่ช่วงหนึ่งสหัสวรรษก่อนคริสตกาล เคยอยู่ใต้ปกครองของกรีกโบราณและโรมัน ลิสบอนได้รับอิทธิพลจากศาสนาคริสต์เช่นเดียวกับเมืองที่อยู่ใต้ปกครองของโรมัน แต่เมื่อ ค.ศ. 711 ลิสบอนถูกครอบครองโดยเผ่ามัวร์ ซึ่งอาศัยอยู่ทางด้านทิศตะวันออกเฉียงเหนือของทวีปแอฟริกา และนับถือศาสนาอิสลาม ในช่วงนั้นชาวลิสบอนใช้ภาษาอาหรับเป็นภาษาราชการ

ค.ศ. 1147 ลิสบอนกลับมาอยู่ภายใต้ศาสนาคริสต์อีกครั้ง โดยกลุ่มนักรบจากประเทศใกล้เคียง เช่น ฝรั่งเศส เยอรมัน อังกฤษ และโปรตุเกส ภายใต้การนำของพระเจ้าอัลฟอนโซที่ 1 แห่งโปรตุเกส ได้ยึดลิสบอนกลับคืนได้ ลิสบอนเปลี่ยนมาใช้ภาษาโปรตุเกส และชาวอิสลามส่วนมากเปลี่ยนมานับถือศาสนาคริสต์ ลิสบอนกลายเป็นเมืองหลวงของโปรตุเกสเมื่อ ค.ศ. 1255

ช่วงคริสต์ศตวรรษที่ 16 เป็นยุคที่รุ่งเรืองที่สุดของจักรวรรดิโปรตุเกส ลิสบอนเป็นศูนย์กลางของยุโรปในการเดินทางไปยังตะวันออกไกล ลิสบอนมาเสียหายอย่างหนักจากแผ่นดินไหวครั้งใหญ่ใน ค.ศ. 1755 ซึ่งมีผู้เสียชีวิตประมาณ 60,000-90,000 คน

ในคริสต์ศตวรรษที่ 19 ลิสบอนถูกรุกรานโดยกองทัพของนโปเลียน โบนาปาร์ต ทำให้สิ่งก่อสร้างเสียหายเป็นจำนวนมาก ใน ค.ศ. 1910 ลิสบอนเป็นศูนย์กลางของการเปลี่ยนแปลงการปกครอง โปรตุเกสเปลี่ยนจากระบอบสมบูรณาญาสิทธิราชย์มาเป็นระบอบสาธารณรัฐ สำหรับช่วงสงครามโลกครั้งที่สองนั้น โปรตุเกสวางตัวเป็นกลาง ทำให้ลิสบอนกลายเป็นเมืองท่าสำคัญของยุโรปฝั่งแอตแลนติก