นายวัญชัย เริ่มรับราชการเป็นข้าราชการครู ในสังกัดกรุงเทพมหานคร เมื่อปี พ.ศ. 2519 และลาออกในปี พ.ศ. 2529 เพื่อสมัครรับเลือกตั้งสมาชิกสภาผู้แทนราษฎร ในปี พ.ศ. 2529 และ พ.ศ. 2531 แต่ไม่ได้รับการเลือกตั้ง นายวรัญชัยบอกเล่าว่า ได้เข้าร่วมในเหตุการณ์ทางการเมืองที่สำคัญต่าง ๆ เรื่อยมา ไม่ว่าจะเป็นการเคลื่อนไหวให้ พล.อ.เกรียงศักดิ์ ชมะนันทน์ ลาออก และการเคลื่อนไหวให้ พล.อ.เปรม ติณสูลานนท์ ออกจากตำแหน่งนายกรัฐมนตรี รวมทั้งเหตุการณ์พฤษภาทมิฬ ที่นายวรัญชัยบอกเล่าว่าถูกรุมทำร้ายที่หน้าบ้าน จนได้รับบาดเจ็บสาหัส อาการปางตาย