ในวันที่ 8 พฤศจิกายน พ.ศ. 2460 เลนินได้รับเลือกให้เป็นประธานสภาที่ปรึกษาประชาชน (ซึ่งเทียบเท่าตำแหน่งนายกรัฐมนตรีในสมัยต่อมา) โดยสภาคองเกรสโซเวียตในรัสเซีย ในขณะนั้น เลนินต้องเผชิญกับการโจมตีของเยอรมนี เลนินต้องการให้รัสเซียลงนามในสัญญาสันติภาพทันที ผู้นำบอลเชวิกคนอื่น ๆ ต้องการให้ทำสงครามกับเยอรมนีต่อไปเพื่อเป็นการกระตุ้นการปฏิวัติในเยอรมนี ส่วนเลออน ทรอตสกี ที่เป็นประธานในการเจรจานั้นรักษาสถานะเป็นกลางระหว่างสองฝ่าย คือ เรียกร้องสันติภาพ แต่มีเงื่อนไขว่าจะต้องไม่มีฝ่ายใดได้หรือเสียดินแดนเพิ่ม หลังจากที่การเจรจาล้มเหลว เยอรมนีก็ได้โจมตีและยึดครองดินแดนฝั่งตะวันตกของรัสเซียไปมาก ซึ่งส่งผลให้ข้อเสนอของเลนินได้รับการสนับสนุนการเสียงส่วนมากของผู้นำพรรคบอลเชวิก และในที่สุดรัสเซียก็ต้องยอมลงนามในสนธิสัญญาเบรสท์-ลีตอฟสก์ ซึ่งรัสเซียเสียเปรียบอย่างมาก ในเดือนมีนาคม พ.ศ. 2461

เมื่อเลนินยอมรับว่าระบบโซเวียตเป็นระบบเดียวเท่านั้นที่ถูกต้องตามกฎหมาย เลนินจึงได้ปิดสภาร่างรัฐธรรมนูญรัสเซียลงเพราะว่าพรรคบอลเชวิกไม่ได้เสียงข้างมากในสภานั้น แต่พรรคที่ได้เสียงข้างมากคือพรรคปฏิวัติสังคมนิยมที่ต่อมาภายหลังแตกออกเป็นฝ่ายซ้ายที่นิยมระบบโซเวียต และฝ่ายขวาที่ต่อต้านระบบโซเวียต ส่วนพรรคบอลเชวิกนั้นมีเสียงข้างมากในสภาคองเกรสโซเวียต และได้จัดตั้งรัฐบาลผสมร่วมกับฝ่ายซ้ายของพรรคปฏิวัติสังคมนิยม อย่างไรก็ตาม การร่วมมือครั้งนี้ก็ได้ล้มเหลวลงหลังจากพรรคปฏิวัติสังคมนิยมต่อต้านสนธิสัญญาเบรสต์-ลิตอฟสก์ และได้ไปเข้าร่วมกับพรรคอื่นเพื่อล้มรัฐบาลโซเวียต สถานการณ์ได้เลวร้ายลง เมื่อพรรคอื่นๆ ที่ไม่ใช่พรรคบอลเชวิก (รวมถึงกลุ่มสังคมนิยมหลายกลุ่ม) ได้พยายามล้มรัฐบาลโซเวียต เลนินได้ตอบโต้ด้วยการพยายามยุบพรรคเหล่านั้น แต่ไม่สำเร็จ

ในวันที่ 30 สิงหาคม พ.ศ. 2461 ฟันย่า คัปลัน สมาชิกพรรคปฏิวัติสังคมนิยม ได้เข้าใกล้เลนินหลังจากที่เลนินได้กล่าวปราศรัยในการประชุมพบปะ และกำลังเดินกลับรถ เธอได้ร้องเรียกเลนิน เมื่อเลนินหันกลับมาเพื่อจะตอบ เธอก็ได้นำปืนยิงเลนินไป 3 นัด 2 นัดทะลุเข้าที่ปอดและไหล่ของเลนิน เลนินถูกพากลับไปยังเครมลิน เพราะว่าเขาปฏิเสธที่จะไปโรงพยาบาลเนื่องจากเชื่อว่าน่าจะมีคนดักรอทำร้ายอยู่ที่โรงพยาบาลแน่ แพทย์ได้ถูกเรียกมาดูอาการของเลนิน แต่ได้ลงความเห็นว่าเป็นการเสี่ยงอันตรายเกินไปที่จะถอนลูกกระสุนออกมา ต่อมาไม่นานเลนินก็เริ่มฟื้นตัว แต่สุขภาพของเขาก็เริ่มย่ำแย่ลง และเชื่อกันว่าจากเหตุการณ์ครั้งนี้เป็นสาเหตุของการอุดตันของเส้นโลหิตที่ไปเลี้ยงสมองของเลนินในเวลาต่อมา

ในเดือนมีนาคม พ.ศ. 2462 เลนินและผู้นำพรรคบอลเชวิกคนอื่น ๆ ได้พบกับกลุ่มปฏิวัติสังคมนิยมจากทั่วโลก และได้ร่วมกันก่อตั้ง คอมมิวนิสต์นานาชาติ (โคมินเทิร์น) ในครั้งนี้ สมาชิกของคอมินเทิร์น รวมถึงพรรคบอลเชวิกเอง ได้แยกตัวออกจากขบวนการสังคมนิยม ต่อไปพวกเขาจะเป็นที่รู้จักกันว่า "คอมมิวนิสต์" ในรัสเซียเอง พรรคบอลเชวิกก็ได้เปลี่ยนชื่อเป็น พรรคคอมมิวนิสต์รัสเซีย ซึ่งต่อมาภายหลังจะกลายเป็น พรรคคอมมิวนิสต์แห่งสหภาพโซเวียต (CPSU)

ในขณะเดียวกัน สงครามกลางเมืองก็ได้แผ่ขยายลุกลามออกไปทั่วรัสเซีย การเคลื่อนไหวทางการเมืองหลายชนิดและผู้สนับสนุนการเคลื่อนไหวเหล่านั้นได้จับอาวุธขึ้นสู้เพื่อโค่นล้มรัฐบาลโซเวียต แม้ว่าจะมีหลายฝ่ายที่เข้าร่วมสงครามกลางเมือง แต่มีฝ่ายหลัก ๆ เพียงสองฝ่ายคือ ผ่ายกองทัพแดง (คอมมิวนิสต์) และฝ่ายกองทัพขาว (นิยมกษัตริย์) มหาอำนาจต่างชาติได้แก่ ฝรั่งเศส อังกฤษ สหรัฐอเมริกา และญี่ปุ่นก็ได้แทรกแซงสงครามนี้ (โดยเป็นฝ่ายสนับสนุนกองทัพขาว) แต่ในที่สุด ฝ่ายกองทัพแดงก็มีชัยในสงคราม โดยเอาชนะกองทัพขาวและพันธมิตรได้ในปี พ.ศ. 2463 (แม้ว่ากองกำลังต่อต้านขนาดย่อม ๆ ยังคงเหลืออยู่ต่อมาอีกหลายปี)

ในไม่กี่เดือนสุดท้ายของปี พ.ศ. 2462 ความสำเร็จของกองทัพแดงเหนือกองทัพขาวได้ทำให้เลนินมั่นใจว่าถึงเวลาแล้วที่จะขยายวงการปฏิวัติไปสู่โลกตะวันตก โดยการใช้กำลังหากจำเป็น เมื่อสาธารณรัฐโปแลนด์ที่ 2 ที่เพิ่งเป็นอิสระได้ใหม่ ๆ เริ่มต้นที่จะป้องกันพรมแดนทางตะวันออกที่ติดกับรัสเซีย ที่แต่เดิมเป็นของรัสเซียมาตั้งแต่การแบ่งโปแลนด์ในศตวรรษที่ 18 ก็เกิดการปะทะกับฝ่ายรัสเซียเพื่อยึดครองดินแดนส่วนนี้ ทำให้เกิดสงครามโปแลนด์–โซเวียตขึ้นในปี พ.ศ. 2462 ระหว่างนั้นก็มีการปฏิวัติในเยอรมนีและสันนิบาตสปาร์ตาซิสต์กำลังเจริญเติบโต เลนินก็มองว่าเป็นเวลาที่เหมาะสมแล้วที่จะ “แทงยุโรปด้วยดาบปลายปืนของกองทัพแดง” โดยเลนินเห็นโปแลนด์เป็นสะพานที่จำเป็นต้องข้ามเพื่อเชื่อมต่อการปฏิวัติในโซเวียตกับผู้สนับสนุนคอมมิวนิสต์ในการปฏิวัติในเยอรมนี และเพื่อเป็นการช่วยเหลือขบวนการคอมมิวนิสต์ต่าง ๆ ในยุโรปตะวันตก อย่างไรก็ตาม ความพ่ายแพ้ของโซเวียตรัสเซียในสงครามกับโปแลนด์ ได้ทำให้แผนนี้ถูกล้มเลิกไป

สงครามอันยาวนานในรัสเซียได้ทำลายรัสเซียให้เหลือแต่ซากเป็นวงกว้าง ในเดือนมีนาคม พ.ศ. 2464 เลนินได้แทนที่นโยบายคอมมิวนิสต์ด้วยสงคราม (ที่ถูกใช้ในช่วงสงครามกลางเมือง) ด้วยนโยบายเศรษฐกิจใหม่ เพื่อที่จะพยายามฟื้นฟูอุตสาหกรรมและโดยเฉพาะอย่างยิ่งการเกษตร แต่ในเดือนเดียวกัน ก็มีการปราบปรามการลุกฮือขึ้นของกะลาสีที่เมืองครอนสตัดท์ (เรียกว่า การกบฏที่ครอนสตัดท์)