วัคซีนคอนจูเกต (อังกฤษ: conjugate vaccine) เป็นวัคซีนที่ผลิตโดยเชื่อมแอนติเจนที่ภูมิคุ้มกันของร่างกายตอบสนองได้ไม่ดี กับแอนติเจนที่ร่างกายตอบสนองอย่างมีกำลัง เป็นการเชื่อมด้วยพันธะโคเวเลนต์ แล้วทำให้ร่างกายสามารถตอบสนองต่อแอนติเจนอย่างแรกได้ดียิ่งขึ้น แอนติเจนอย่างแรกโดยมากเป็นพอลิแซ็กคาไรด์ ซึ่งนำมาเชื่อมกับแอนติเจนที่เป็นโปรตีน อย่างไรก็ดี ก็มีวัคซีนที่เชื่อมเพปไทด์กับโปรตีน หรือโปรตีนกับโปรตีนด้วยเหมือนกัน[1]