วัคซีนซับยูนิต (อังกฤษ: subunit vaccine) เป็นวัคซีนที่ทำด้วยส่วนประกอบของเชื้อโรคที่ทำให้ภูมิคุ้มกันตอบสนอง (คือมีสภาพเป็นแอนติเจนได้)[1][2]วัคซีนซับยูนิตไม่ได้ใช้เชื้อโรคทั้งตัวซึ่งไม่เหมือนกับวัคซีนเชื้อลดฤทธิ์ (attenuated vaccine) หรือวัคซีนเชื้อตาย (inactivated vaccine) แต่ใช้เพียงส่วนของเชื้อโรคซึ่งทำให้ภูมิคุ้มกันตอบสนอง ส่วนต่าง ๆ เช่น โปรตีน พอลิแซ็กคาไรด์[1][2]หรือเพปไทด์เพราะวัคซีนไม่มีส่วนที่ "ยังมีชีวิต" อยู่ของเชื้อโรค จึงไม่เสี่ยงก่อโรค ปลอดภัย และคงสภาพได้ดีกว่าวัคซีนที่ใช้เชื้อโรคทั้งตัว (เช่น วัคซีนเชื้อลดฤทธิ์และวัคซีนเชื้อตาย)[1]ข้อดีอื่น ๆ รวมทั้งเป็นเทคโนโลยีที่ได้ใช้มานานแล้วและเหมาะใช้กับบุคคลที่มีภูมิคุ้มกันบกพร่อง[2]ข้อเสียรวมทั้งการผลิตซับซ้อนกว่าวัคซีนบางชนิด (เช่น วัคซีนอาร์เอ็นเอ) อาจต้องเติมยาเสริม (adjuvant) หรืออาจจะต้องให้วัคซีนบูสต์ และต้องหาส่วนประกอบผสมจากเชื้อโรคเพื่อให้ก่อภูมิคุ้มกันได้ดีสุด[2]