วัดพระยืน แต่เดิมไม่ได้มีชื่อนี้ สันนิษฐานว่าพระนางจามเทวีทรงสร้างขึ้นในราว พ.ศ. 1213 (หลังครองราชย์ได้ 7 ปี) ตามตำนานเรียกชื่อวัดนี้ว่า อรัญญิการาม[2]

ชื่อของวัดพระยืน มาจากองค์พระพุทธรูปยืน ที่ตามเอกสารของวัดระบุว่า สร้างขึ้นเมื่อ พ.ศ. 1606 ในสมัยพระเจ้าธรรมมิกราช (กษัตริย์องค์ที่ 32 แห่งหริภุญชัย) พระยืนองค์นี้หล่อด้วยทองสำริด สูง 18 ศอก (9 เมตร) เดิมประดิษฐานอยู่ในปราสาทสถูป (หลังวิหาร) ในสมัยนี้เรียกชื่อวัดว่า วัดพุทธอาราม

ต่อมาในปี พ.ศ. 1912 พระยากือนา ผู้ครองพิงนครเชียงใหม่และลำพูน ได้สร้างพระพุทธรูปยืนเพิ่มเติมขึ้นอีก 3 องค์ ใน ตำนานมูลศาสนา ได้กล่าวถึงตอนที่พระญากือนาได้อาราธนานิมนต์พระสุมนเถระจากเมืองสุโขทัย เพื่อมาเชียงใหม่ โดยได้พักที่วัดพระยืนในเมืองหริภุญชัย ซึ่งขณะนั้นได้มีพระยืน 1 องค์อยู่ก่อนแล้ว[3]

จนกระทั่ง พ.ศ. 2447 พระครูศีลวิลาศ (พระคันธวงศ์เถระหรือครูบาวงศ์) เจ้าคณะจังหวัดลำพูน พร้อมด้วยเจ้าหลวงอินทยงยศ เจ้าผู้ครองนครลำพูน ได้ร่วมกันบูรณปฏิสังขรณ์สถูปเจดีย์ขึ้นมาใหม่ โดยสร้างก่อหุ้มคลุมองค์พระยืนทั้ง 4 ไว้ภายใน พร้อมกับสร้างพระพุทธรูปยืนองค์เล็กกว่าขึ้นมาประดับเจดีย์ทั้ง 4 ด้าน

พ.ศ. 2471 กรมศิลปากรได้ขึ้นทะเบียนเจดีย์วัดพระยืนเป็นมรดกของชาติ จนกระทั่งเมื่อ พ.ศ. 2548–2549 กรมศิลปากรได้ทำการบูรณะปฏิสังขรณ์องค์พระเจดีย์วัดพระยืน รวมทั้งการปรับภูมิทัศน์โดยรอบของวัด ได้พบสิ่งปลูกสร้าง ก่อด้วยฐานอิฐถือเป็นหลักฐานทางประวัติศาสตร์ที่อาจสาวไปถึงการก่อสร้างวัด โดยมีการขุดพบฐานเจดีย์สมัยสุโขทัย ถนนที่ปูลาดด้วยอิฐโบราณ รวมถึงการขุดพบฐานเสนาสนะ จนเมื่อวันที่ 13 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2549 ได้ขุดพบเศียรพระพุทธรูปสมัยหริภุญชัย สันนิษฐานว่ามีอายุในสมัยพุทธศตวรรษที่ 17–18 และโบราณวัตถุเป็นจำนวนมาก อยู่ในฐานพระเจดีย์ที่ฝังอยู่ใต้ดินบริเวณหลังวิหารพระเจ้าทันใจ[2]