จากความสัมพันธ์อันดีที่มีมาช้านาน ได้เริ่มเห็นความขัดแย้งในปี พ.ศ. 2428 เมื่อกองกำลังสยามยกทัพไปปราบฮ่อที่หัวพันทั้งห้าทั้งหก และเมืองพวน โดยมีเจ้าพระยาสุรศักดิ์มนตรีเป็นแม่ทัพ ฝรั่งเศสได้กล่าวหาสยามว่าถือโอกาสรุกล้ำเข้าไปในดินแดนลาว ซึ่งอยู่ในอำนาจของญวน ซึ่งฝรั่งเศสกำลังจัดการปกครองเมืองญวนอยู่ ต่อมาสยามกับฝรั่งเศสได้ตกลงทำอนุสัญญาเมืองหลวงพระบาง โดยมี โอกุสต์ ปาวี เป็นไวซ์กงสุล (Vice Consul) ประจำเมืองหลวงพระบาง เพื่อดูแลผลประโยชน์ของฝรั่งเศสบนคาบสมุทรอินโดจีน และติดตามความเคลื่อนไหวของอำนาจเก่าอย่างสยามในดินแดนที่เป็นประเทศลาว และ เขมร

ความขัดแย้งได้ยุติลงเมื่อพันตรี เปนเนอแกง ผู้บังคับการทหารฝรั่งเศสในแคว้นสิบสองปันนา ได้ลงนามในสัญญากับพระยาสุรศักดิ์มนตรี เมื่อวันที่ 23 ธันวาคม 2431 สรุปความได้ว่าในระหว่างที่รัฐบาลทั้งสองฝ่ายยังไม่ได้ข้อตกลงกัน ทหารฝรั่งเศสจะตั้งอยู่ในสิบสองจุไท ทหารสยามจะตั้งอยู่ในหัวพันทั้งห้าทั้งหก และเมืองพวน ต่างฝ่ายต่างจะไม่ล่วงเข้าไปในเขตซึ่งกันและกัน ส่วนที่เมืองแถงนั้นทหารสยามและทหารฝรั่งเศส จะตั้งรักษาอยู่ด้วยกันจนกว่ารัฐบาลทั้งสองฝ่ายจะตกลงกัน รวมทั้งจะช่วยกันปราบฮ่อที่เป็นโจรผู้ร้ายอยู่ตามแนวชายแดนให้สงบ

ในการปราบฮ่อครั้งนี้ฝ่ายสยามเห็นเป็นโอกาสอันดีที่จะได้มีแผนที่เขตแดนอย่างชัดเจน จึงมอบหมายให้แมคคาร์ธี ที่ปรึกษาชาวอังกฤษ ซึ่งต่อมาได้รับราชการในราชสำนักสยามมีบรรดาศักดิ์เป็นพระวิภาคภูวดล ทำแผนที่ชายแดนทางภาคเหนือ จนถึงสิบสองจุไท แต่ยังไม่ได้ปักปันเขตแดน เพราะยังตกลงกับฝรั่งเศสที่มีอำนาจเหนือดินแดนแห่งนี้ไม่ได้

ฝรั่งเศสมีท่าทีเรื่องเขตแดนพิพาทแข็งกร้าวมากขึ้น และข่มขู่มิให้มหาอำนาจอย่างอังกฤษเข้ามาเกี่ยวข้อง อีกทั้งสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรของฝรั่งเศสได้นำปัญหาข้อพิพาทระหว่างสยามกับฝรั่งเศสเสนอเข้าสู่การพิจารณาของรัฐสภาเมื่อวันที่ 4 กุมภาพันธ์ 2435 โดยหยิบยกกรณีที่ ม.มาสซี เจ้าหน้าที่สถานกงสุลฝรั่งเศสเมืองหลวงพระบาง ถึงแก่กรรมโดยการฆ่าตัวตายเมื่อวันที่ 30 พฤศจิกายน 2435 ที่เมืองจัมปาศักดิ์ ว่าเกิดจากการคุกคามและข่มขู่จากกองทัพสยาม มาใช้ประโยชน์ต่อกรณีพิพาทดังกล่าว ข้อเสนอนี้ได้รับการยอมรับจากรัฐสภาลงมติอนุมัติให้ดำเนินการโดยทันที โดยมีเงื่อนไขว่า ให้ใช้วิธีการที่ดีที่สุด สำเร็จโดยเร็ว โดยเสียเงินและเลือดเนื้อน้อยที่สุด

เมื่อรัฐบาลฝรั่งเศสได้รับความเห็นชอบจากรัฐสภาแล้ว จึงมีคำสั่งไปยังผู้สำเร็จราชการอินโดจีน ให้ดำเนิน การขับไล่กองกำลังสยามให้พ้นเขตแดนที่กำลังพิพาทกันอยู่ จึงเกิดการสู้รบกันขึ้น พร้อมทั้งกล่าวหาว่าสยามไม่รักษาคำมั่นตามข้อตกลงเรื่องการรักษาสถานะเดิม คือการตกลงให้ต่างฝ่ายต่างคงอยู่ในเขตแดนเดิม และจะไม่รุกล้ำเข้าไปในแดนเขตของอีกฝ่ายหนึ่ง เหตุการณ์ที่เกิดขึ้นสยามต้องเป็นผู้รับผิดชอบ และให้ปล่อยตัวทหาร และคนในบังคับของฝรั่งเศส ที่ถูกสยามควบคุมตัวไว้ด้วย

วันที่ 21 มีนาคม 2435 ฝรั่งเศสได้ส่งเรือลูแตง (Lutin) เข้ามาจอดทอดสมออยู่หน้าสถานทูตฝรั่งเศส ในพระนคร เพื่อแสดงแสนยานุภาพ โดยมีผู้บัญชาการสถานีทหารเรือเมืองไซ่ง่อนเข้ามาเจรจาและร้องขอให้สยามยอมรับเขตแดนญวนว่าจรดถึงฝั่งซ้ายลำน้ำโขง แต่สยามคัดค้านคำร้องขอนี้ พร้อมทั้งได้ดำเนินการทางการทูตกับอังกฤษเรื่องตั้งอนุญาโตตุลาการตัดสินปัญหาความขัดแย้ง และเชิญสหรัฐอเมริกาเข้ามาไกล่เกลี่ยข้อพิพาท แต่ฝรั่งเศสปฏิเสธไม่ยอมรับตามที่เสนอ สยามจึงเตรียมการป้องกันปากน้ำเจ้าพระยา