เมื่อเห็นว่าฝรั่งเศสดำเนินการทางทหารเช่นนี้ พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงพิจารณาเห็นว่าจะต้องเตรียมการด้านการทหารและความมั่นคงเพื่อความปลอดภัยของราชอาณาจักร จึงโปรดเกล้า ฯ แต่งตั้งกรรมการปรึกษาการป้องกันพระราชอาณาเขต จำนวน 8 ท่าน ประกอบด้วย

1. สมเด็จพระเจ้าน้องยาเธอ เจ้าฟ้ากรมพระภาณุพันธุวงศ์วรเดช ผู้บัญชาการกรมยุทธนาธิการ
2. พระเจ้าน้องยาเธอ กรมหลวงเทวะวงศ์วโรปการ เสนาบดีกระทรวงการต่างประเทศ
3. พระเจ้าน้องยาเธอ เจ้าฟ้ากรมขุนนริศรานุวัติวงศ์ เสนาบดีกระทรวงการคลัง
4. พระเจ้าน้องยาเธอ กรมหมื่นพิทยลาภพฤฒิธาดา เสนาบดีกระทรวงมุรธาธร
5. พระเจ้าน้องยาเธอ กรมหมื่นดำรงราชานุภาพ เสนาบดีกระทรวงมหาดไทย
6. เจ้าพระยาพลเทพ (พุ่ม ศรีไชยยันต์) เสนาบดีกระทรวงกลาโหม
7. นายพลเรือโท พระวรวงศ์เธอ พระองค์เจ้าขจรจรัสวงศ์ ผู้บัญชาการทหารเรือ
8. พระยาสุรศักดิ์มนตรี (เจิม แสง-ชูโต) เสนาบดีกระทรวงเกษตรพานิชการ

วันที่ 10 กรกฎาคม 2436 พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว มีลายพระหัตถ์เลขาถึงพระยาชลยุทธโยธินทร์ แจ้งกำหนดเรือรบฝรั่งเศสจะเข้าพระนครในวันที่ 13 กรกฎาคม 2436 เวลาเย็น โดยให้พระยาชลยุทธโยธินทร์ เตรียมการวางตอร์ปิโดให้เต็มช่องยิง และมีพระบรมราชานุญาตให้ทำการยิงตอบโต้ได้

วันที่ 11 กรกฎาคม 2436 กรมหลวงเทวะวงศ์วโรปการ เสนาบดีกระทรวงการต่างประเทศได้มีโทรเลขไปยังอัครราชทูตสยามประจำกรุงปารีส แจ้งเรื่องเรือรบฝรั่งเศสที่จะเข้ามาแสดงแสนยานุภาพข่มขู่สยาม ให้นำความไปเรียนต่อ ม.เดอ แวลล์ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงการต่างประเทศ (ฝรั่งเศส) และได้รับคำชี้แจงจากฝรั่งเศสว่าที่ฝ่ายทหารกระทำการลงไปนั้นไม่ได้มุ่งหมายจะให้เรือรบเข้าไปในพระนครเพื่อข่มขู่สยามแต่ประการใด ฝรั่งเศสมีความประสงค์อย่างเดียวกับอังกฤษที่ส่งเรือรบเข้ามาก่อนหน้านี้แล้วเท่านั้น และรับรองว่าจะถอนคำสั่งเดิมเสีย

วันที่ 13 กรกฎาคม 2436 ม.เดอแวลล์ ได้มีโทรเลขถึง โอกุสต์ ปาวี ราชทูตฝรั่งเศสประจำกรุงเทพ ฯ ถึงเรื่องที่กองทัพสยามได้วางลูกตอร์ปิโดไว้ในร่องน้ำ ให้แจ้งแก่กองเรือฝรั่งเศสทราบว่า รัฐบาลฝรั่งเศสตกลงจะยับยั้งไม่ให้เรือลำใดข้ามสันดอนเข้าไปก่อนเวลานี้ โทรเลขฉบับนี้มาถึงม.ปาวี เวลาเช้าของวันที่ 13 กรกฎาคม 2436 แต่ยังมิได้ดำเนินการทางการทูตเพื่อยับยั้งความขัดแย้ง ได้เกิดการปะทะกันบริเวณปากแม่น้ำเจ้าพระยาขึ้นเสียก่อน และตอนเย็นถึงค่ำการสู้รบยิ่งทวีความรุนแรงท่ามกลางที่ฝนตกลงมาอย่างหนัก เมื่อเรือรบฝรั่งเศส 2 ลำ และเรือนำร่องก็แล่นเข้ามาในปากน้ำเจ้าพระยา ทหารที่ประจำป้อมพระจุลจอมเกล้า ทำการยิงด้วยดินเปล่าเป็นสัญญาณเตือน 3 นัดให้ถอยเรือกลับไป แต่กองเรือฝรั่งเศสยังคงรุกล้ำเข้ามา ทหารบนฝั่งจึงยิงด้วยกระสุนจริง แต่ตั้งเป้าให้ลูกปืนตกคล่อมหัวเรือไป ในการปะทะนี้ทหารเรือไทย เสียชีวิต 8 นาย สามารถยิงให้เรือนำร่องเยเบเซท้องทะลุ ต้องแล่นไปเกยตื้น และฝรั่งเศสตาย 3 นาย แต่เรือฝรั่งเศสอีกสองลำยังคงแล่นทวนน้ำเข้าพระนครต่อไป

วันที่ 14 กรกฎาคม 2436 ซึ่งเป็นวันชาติของฝรั่งเศส ทั้งสองฝ่ายยุติการสู้รบและการปะทะตามจุดต่างๆ เพื่อเป็นการให้ความเคารพ “เรือธง” ของฝรั่งเศส การเจรจาเพื่อหาข้อยุติจึงเริ่มขึ้น