ถ้าอนุมานนอกช่วงการเกิดสัณฐานช่วงพัฒนาการ (developmental morphogenesis) จากงานศึกษาทางพันธุกรรม ให้เข้ากับหลักฐานซากดึกดำบรรพ์ของสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมต้น ๆ วิวัฒนาการของหูชั้นกลางในสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมต้น ๆ ก็จะเป็นกรณีศึกษาแบบบูรณาการที่แสดงว่า พัฒนาการสามารถมีผลเชิงกลต่อการเปลี่ยนรูปของคอมเพล็กซ์โครงสร้างสำคัญในกระบวนการวิวัฒนาการได้อย่างไร

— Zhe-Xi Luo (2011). Developmental Patterns in Mesozoic Evolution of Mammal Ears[46]

แม้ว่ากระดูกโกลนจะมีอยู่ในสัตว์สี่ขาหลายอย่าง แต่การเพิ่มทั้งกระดูกค้อนและกระดูกทั่ง (หรือ quadrate และ articular) ในหูชั้นกลางอันเป็นลักษณะเฉพาะของกลุ่มสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนม ได้แยกกลุ่มออกจากสัตว์เลื้อยคลานและสัตว์มีกระดูกสันหลังอื่น ๆ ทั้งหมดในอดีตเวลาหนึ่ง ต้นไม้ชีวิตจึงได้ปรากฏเหมือนกับไม่สืบตอน

แต่โดยต้นคริสต์ศตวรรษที่ 19 ก็เกิดสมมติฐานว่า กระดูกเหล่านี้ไม่ใช่อะไรใหม่โดยสิ้นเชิง แต่เป็นกระดูก 2 ชิ้นในขากรรไกรของสัตว์ที่ไม่ใช่สัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมอื่น ๆสมมติฐานนี้มีเหตุผล และไม่ใช่เพราะการมีกระดูกหูสามชิ้นเท่านั้น แต่เพราะลักษณะทางกายวิภาคอื่น ๆ เช่น เส้นทางของเส้นประสาทในศีรษะ

เมื่อสาขาชีววิทยาเชิงวิวัฒนาการเริ่มขยายตัว จึงได้ปฏิบัติต่อความสัมพันธ์เช่นนี้เหมือนว่า สัตว์เหล่านี้ (สัตว์เลื้อยคลาน สัตว์เลี้ยงลูกด้วยนม และสัตว์มีกระดูกสันหลังอื่น ๆ) สืบเชื้อสายร่วมกันเพื่อที่คำอธิบายทางวิวัฒนาการจะสมเหตุผล กระดูกจึงต้องเปลี่ยนหน้าที่จากเป็นส่วนของกลไกการกินอาหารคือข้อต่อขากรรไกร ไปเป็นส่วนของการได้ยินเท่านั้นซึ่งหมายความว่า จะต้องมีซากดึกดำบรรพ์ที่แสดงสภาพในระหว่าง คือแสดงการสืบต่อของสองหน้าที่นี้

การค้นพบซากดึกดำบรรพ์ของ Morganucodon และอื่น ๆ จึงทำให้มีตัวอย่างที่เป็นรูปธรรมในเรื่องนี้[33]เพราะว่า ซากที่พบมีข้อต่อขากรรไกรทั้งสองอย่าง คือ แบบ "สัตว์เลื้อยคลานเก่า" และแบบ "สัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมใหม่" เป็นหลักฐานยืนยันรูปแบบการอนุมานจากสาขากายวิภาคเปรียบเทียบไปยังสาขาชีววิทยาเชิงวิวัฒนาการ (ดูคำพูดของ Zhe-Xi Luo ด้านบน)

สัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมต้น ๆ โดยทั่วไปเป็นสัตว์เล็ก ๆ และน่าจะเป็นสัตว์หากินแมลงเวลากลางคืนทฤษฎีนี้ใช้อธิบายกลไกทางวิวัฒนาการที่ขับเคลื่อนความเปลี่ยนแปลงได้เพราะด้วยกระดูกหูเล็ก ๆ ในหูชั้นกลาง สัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมจึงสามารถขยายพิสัยความถี่เสียงที่ได้ยิน ซึ่งช่วยตรวจจับหาแมลงในที่มืด[47]ทฤษฎีการคัดเลือกโดยธรรมชาติก็จะสามารถอธิบายชัยชนะของคุณลักษณะเยี่ยงนี้