ศาลสูงสุดในปัจจุบันก่อตั้งตามมาตรา 81 แห่งรัฐธรรมนูญญี่ปุ่นใน ค.ศ. 1947[4] มีการโต้เถียงในหมู่เจ้าหน้าที่นิติกรของผู้บัญชาการสูงสุดฝ่ายพันธมิตรผู้ร่างรัฐธรรมนูญและในการประชุมสภานิติบัญญัติแห่งสมเด็จพระจักรพรรดิใน ค.ศ. 1946 เกี่ยวกับอำนาจที่มากเกินไปของฝ่ายตุลาการ แต่ถูกบดบังความสำคัญโดยคำถามประเด็นหลักอื่น ๆ ที่เกี่ยวเนื่องกับหลักอำนาจอธิปไตยของปวงชน, หน้าที่ของจักรพรรดิ และการยอมสละสงคราม[5] อย่างไรก็ตามการใช้คำในมาตรา 81 ที่ได้รับเห็นชอบบัญญัติว่าศาลถืออำนาจการพิจารณาทบทวน ส่วนหนึ่งของประวัติศาสตร์ตอนต้นของศาลมีการเข้าไปเกี่ยวพันกับขอบเขตอำนาจนี้[4] ใน ค.ศ. 1948 ศาลประกาศว่ารัฐธรรมนูญมีเจตจำนงในการกำหนดประเภทของการพิจารณาทบทวนที่ถูกนำมาใช้ในสหรัฐ ใน ค.ศ. 1952 มีการประกาศให้อำนาจดังกล่าวสามารถนำไปใช้ได้เพียงคดีที่มีความยุ่งยาก[4][6]

ในช่วง ค.ศ. 1960–1970 ศาลสูงสุดประสบ "วิกฤตตุลาการ" (judicial crisis) ระหว่างผู้พิพากษาอาวุโสและผู้พิพากษาเสรีนิยมที่เด็กกว่าเป็นส่วนใหญ่[7][8][9] อาทิ มีข้อโต้เถียงว่าผู้พิพากษาบางคนในศาลจังหวัดคับข้องใจเกี่ยวกับการบังคับใช้ข้อบัญญัติที่จะจำกัดการประท้วงต่อต้านรัฐบาล[7] ใน ค.ศ. 1971 ศาลสูงสุดไม่แต่งตั้งผู้ช่วยผู้พิพากษา ยาซูอากิ มิยาโมโตะ อีกครั้งหลังเขาเข้าร่วมองค์กรที่มีแนวคิดทางการเมืองเอนเอียงไปทางฝ่ายซ้ายซึ่งจดทะเบียนถูกต้องตามกฎหมาย[8][10] เหตุการณ์ดังกล่าวส่งผลให้มีการทำข่าวและประท้วงโดยผู้พิพากษาคนอื่น ๆ อย่างเห็นได้ชัด[10] นับตั้งแต่นั้นเป็นต้นมาไม่มีผู้พิพากษาคนไหนจะไม่ได้รับการแต่งตั้งใหม่[10] ท้ายที่สุด ในช่วง ค.ศ. 1960–1970 ศาลสูงสุดถูกเปลี่ยนให้เป็นอนุรักษ์นิยมมากขึ้น โดยมีผู้พิพากษาบางส่วนเป็นตัวแทนของข้าราชการตลอดชีพ เป็นเหตุให้การตัดสินต่าง ๆ มักจำกัดการแสดงออกอย่างเสรีและการชุมนุมสาธารณะ[7]