ต้นยุคเฮอัง ศาลเจ้าฟูชิมิอินาริ อยู่ภายใต้พระราชูปถัมภ์ขององค์จักรพรรดิ ใน พ.ศ. 1508 จักรพรรดิมูรากามิทรงบัญชาให้มีการขึ้นบัญชีเหตุการณ์สำคัญของเทพารักษ์แผ่นดิน ซึ่งในบัญชีนี้ ในขั้นต้นกล่าวถึงศาลเจ้า 16 แห่ง ซึ่งศาลเจ้าฟูชิมิอินาริ ก็เป็นหนึ่งในนั้น[3]

ในยุคจักรวรรดิญี่ปุ่น ศาลเจ้าฟูชิมิอินาริ ได้รับการขึ้นทะเบียนเป็นหนึ่งในศาลเจ้าเอก (ญี่ปุ่น: 官幣大社 โรมาจิ: kanpei taisha) ซึ่งได้รับการสนับสนุนโดยรัฐบาลพระจักรพรรดิ[4]