ศาลเจ้าเล่งจูเกียงก่อตั้งขึ้นโดยชาวจีนในเมืองปัตตานีเมื่อปี พ.ศ. 2117 ยุคจักรพรรดิว่านลี่แห่งราชวงศ์หมิงตรงกับรัชกาลสมเด็จพระมหาธรรมราชาแห่งกรุงศรีอยุธยา เดิมมีชื่อว่าศาลเจ้าซูก๋ง เพราะมีโจ๊วซูก๋งหรือพระหมอเป็นเทพหลักของศาล ต่อมาได้รับการบูรณะและจัดงานสมโภชโดยหลวงสำเร็จกิจการจางวาง (ตันจงซิ่น) เมื่อปี พ.ศ. 2407 หลังจากนั้นพระจีนคณานุรักษ์ (ตันจูล่าย) ได้อัญเชิญเจ้าแม่ลิ้มกอเหนี่ยวจากบ้านกรือเซะมาประดิษฐานในศาล และตั้งชื่อศาลใหม่ว่า "ศาลเจ้าเล่งจูเกียง" แต่นิยมเรียก "ศาลเจ้าแม่ลิ้มกอเหนี่ยว"[1][2] เป็นศาลเจ้าที่เก่าแก่ที่สุดในไทยในปัจจุบัน

ตามตำนานเจ้าแม่ลิ้มกอเหนี่ยวกล่าวว่า เป็นหญิงชาวจีนตระกูลลิ้มหรือหลิม มีพี่ชายชื่อลิ้มโต๊ะเคี่ยมซึ่งต่อมาได้เดินทางมารับราชการที่เมืองปัตตานีและสมรสกับธิดาของเจ้าเมือง เข้ารีตอิสลามและไม่หวนกลับบ้านเกิดเมืองนอน[11] มารดาที่อยู่ในประเทศจีนก็คิดถึงบุตรชายยิ่งนักเพราะไม่ติดต่อกลับมาเลย ลิ้มกอเหนี่ยวสงสารมารดาจึงอาสาออกตามหาพี่ชาย จนพบกับลิ้มโต๊ะเคี่ยมที่บ้านกรือเซะ และอาศัยอยู่ที่นั่นยาวนานก็เพื่อชวนให้พี่ชายกลับเมืองจีนไปพบมารดา แต่พี่ชายกลับปฏิเสธเพราะกำลังสร้างมัสยิดกรือเซะ เมื่อไม่สามารถทำให้พี่ชายกลับประเทศจีนตามความประสงค์ของมารดา ลิ้มกอเหนี่ยวจึงผูกคอตายใต้ต้นมะม่วงหิมพานต์ ด้วยความอาลัย ลิ้มโต๊ะเคี่ยมจึงสร้างฮวงซุ้ยให้แก่น้องสาวตามประเพณี แต่เมื่อชาวจีนได้ทราบถึงความกตัญญูรักษาสัตย์ จึงมีชาวบ้านไปบนบาน ก่อนนำไม้มะม่วงหิมพานต์นั้นมาแกะสลักเป็นรูปเจ้าแม่ลิ้มกอเหนี่ยวประดิษฐานไว้ที่ศาลเจ้ากรือเซะ ภายหลังได้ย้ายไปประดิษฐาน ณ ศาลเล่งจูเกียงจนถึงปัจจุบัน[4][12] เป็นที่ยอมรับนับถือในกลุ่มชาวไทยเชื้อสายจีนสืบต่อมา[13] แม้กระทั่งลูกหลานชาวจีนที่เปลี่ยนเข้ารับศาสนาอิสลามและใช้ภาษามลายูไปแล้ว แต่บางส่วนก็มีไปขอพรหรือบนบานกับเจ้าแม่ลิ้มกอเหนี่ยว ในวันฮารีรายอก็จะมีการเซ่นสรวงเจ้าแม่ และเมื่อพิธีแห่เจ้าแม่เดือนสามชาวมุสลิมเชื้อสายจีนก็จะไปชมขบวนเพื่อระลึกถึง[14]

ทั้งนี้ศาลเจ้าเล่งจูเกียงมีความศักดิ์สิทธิ์และมีชื่อเสียง โดยมีพระมหากษัตริย์ไทยได้เสด็จมายังศาลเจ้าแห่งนี้สามพระองค์ ได้แก่ พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว, พระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว และพระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช[2] โดยพระมหากษัตริย์ทุกพระองค์ที่เสด็จมาจะพระราชทานกระถางธูปเป็นประจำ[15] ได้แก่ พระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัวและสมเด็จพระนางเจ้าอินทรศักดิศจี พระวรราชชายาได้พระราชทานรูปเคารพเจ้าแม่กวนอิมและกระถางธูปทองเหลืองขนาดใหญ่แก่ศาลเล่งจูเกียง เพื่ออุทิศพระราชกุศลถวายแด่พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว[10] ส่วนพระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช เสด็จพร้อมด้วยสมเด็จพระนางเจ้าสิริกิติ์ พระบรมราชินีนาถ, สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี และสมเด็จพระเจ้าลูกเธอ เจ้าฟ้าจุฬาภรณวลัยลักษณ์ อัครราชกุมารี เสด็จมาเคารพศาลเจ้าแห่งนี้หลายครั้ง บางครั้งก็เสด็จเป็นการส่วนพระองค์[15]