กว่าพันปีต่อมา ชาวมุสลิมรุกรานขยายอาณาเขตอย่างกว้างขวางไปทั่วดินแดนตะวันออกกลางและเอเซียกลาง พระพุทธศาสนาจึงเสื่อมลงเรื่อยๆ และมีการทำลายพระพักตร์ของพระพุทธรูปบามิยันทั้งสององค์ แต่ในสมัยนั้นก็ยังมีผู้นับถือพระพุทธศาสนาอยู่หลักหมื่น สิทธิการแสดงออกของเขาทำได้แค่ ใช้ผ้าสีเหลืองเล็กๆ ผูกหางเปียสั้นๆเท่านั้น[ต้องการอ้างอิง]

ต่อมาในยุคตอลิบานเข้าปกครองประเทศนี้ เป็นเวลา 5 ปี ชาวพุทธจะต้องผ่านเหตุการณ์อันเลวร้าย รอดเพียงไม่กี่ราย และมีความหวังที่จะไปสัมผัสหุบเขาบามิยันสักครั้งในชีวิต แต่พระพุทธรูปแห่งบามิยันก็ถูกทำลายอย่างย่อยยับ โดยกลุ่มตอลีบัน และชาวพุทธในอัฟกานิสถานที่รอดชีวิตมาได้ ก็อพยพไปประเทศเพื่อนบ้านของอัฟกานิสถาน[ต้องการอ้างอิง]

ปัจจุบันมีชาวพุทธจำนวนเล็กน้อยในประเทศอัฟกานิสถาน ซึ่งมีจำนวนร้อยะ 0.3 จากชาวอัฟกานิสถานทั่งประเทศ ชนพวกนี้มีพวกที่นับถือศาสนาพราหมณ์-ฮินดู และศาสนาสิกข์ เรียกกันว่า ฮินด์กิ (Hindki)[1] และมีกลุ่มทหารกรูข่าและลามะชาวเนปาลมาอาศัยเพื่อร่วมสมทบและปลอบกำลังใจทหารในสงครามอัฟกานิสถาน