หลักวิชาศาสนาเปรียบเทียบ ได้มีการบุกเบิกใช้สอนในประเทศไทยเป็นครั้งแรกในมหาวิทยาลัยสงฆ์ โดยอาจารย์สุชีพ ปุญญานุภาพ อดีตเลขาธิการ มหาวิทยาลัยมหามกุฏราชวิทยาลัย อาจารย์สุชีพ ปุญญานุภาพเริ่มบุกเบิกนำวิชาศาสนาเปรียบเทียบมาใช้สอนที่มหาวิทยาลัยสงฆ์แห่งนี้ตั้งแต่ปีพ.ศ. 2489 หนังสือเล่มแรกว่าด้วยศาสนาเปรียบเทียบสำหรับนักศึกษามหาวิทยาลัยจึงเป็นหนังสือที่อาจารย์ สุชีพ ปุญญานุภาพ เป็นผู้เขียนและจัดพิมพ์เผยแพร่ ก่อนหน้านั้น ก็มีท่านเสฐียรโกเศสซึ่งเขียนสารคดีศาสนาต่างๆ ไว้บ้างแล้ว หลังจากนั้น ก็มีสมเด็จพระญาณวโรดม (ประยูร สนฺตงฺกุโร) ซึ่งดำรงตำแหน่งเลขาธิการมหามกุฏราชวิทยาลัยถัดจากท่านร่วมสอนด้วย ต่อมาสาขานี้มีแพร่หลายไปยัง มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ในวัดมหาธาตุ ซึ่งเริ่มเปิดเรียนไล่หลังมหามกุฏราชวิทยาลัย กล่าวคือเปิดเรียนเมื่อปี พ.ศ. 2490 โดยมี ศ.พิเศษ เสฐียร พันธรังษี เป็นอาจารย์สอนในรุ่นบุกเบิก

ส่วนในมหาวิทยาลัยของรัฐฝ่ายฆราวาส ผู้ที่บุกเบิกท่านแรกคือ รศ. ดร.พินิจ รัตนกุล ซึ่งบุกเบิกก่อตั้งภาควิชามนุษยศาสตร์ คณะสังคมศาสตร์และมนุษยศาสตร์ มหาวิทยาลัยมหิดล หลักสูตรปริญญาโทเพื่อเน้นทำวิจัยทางศาสนาเปรียบเทียบโดยเฉพาะมาตั้งแต่ พ.ศ. 2518 ซึ่งนับเป็นครั้งแรกที่มีการกระตุ้นให้มหาวิทยาลัยรัฐฝ่ายฆราวาสเกิดการตื่นตัวศึกษาวิชานี้เพิ่มมากขึ้น ก่อนหน้าที่ท่านจะดำเนินการก่อตั้งวิทยาลัยศาสนศึกษา มหาวิทยาลัยมหิดลเพื่อให้สาขาวิชานี้มีเปิดสอนอย่างแพร่หลายในระดับปริญญาตรีด้วย

รศ. ดร. พินิจ รัตนกุล ได้ประกาศเจตนารมณ์เอาไว้ว่า ‘พยายามทำหลักสูตรให้เข้มแข็ง เพื่อสามารถเกื้อหนุนความเข้าใจและความร่วมมือระหว่างศาสนาให้มากขึ้น อันจะยังผลให้ยอมรับและเคารพต่อลักษณะพหุนิยมทางศาสนา (Religious pluralism) ที่ช่วยลดมูลเหตุอันอาจก่อความตึงเครียดและความขัดแย้งระหว่างชุมชนศาสนาต่าง ๆ ซึ่งหากไม่ยับยั้งเสียก็จะเกิดอันตรายต่อการยึดพหุนิยมทางศาสนาของไทย’

กล่าวได้ว่า อาจารย์สุชีพ ปุญญานุภาพ สมเด็จพระญาณวโรดม (ประยูร สนฺตงฺกุโร) ศ.พิเศษ เสฐียร พันธรังษี และ รศ. ดร. พินิจ รัตนกุล คือกลุ่มคณาจารย์ผู้วางรากฐานสาขานี้ในประเทศไทย