เนื่องจากเป็นสถานีปลายทาง ขบวนรถจากสถานีจรัญฯ 13 จะกลับทิศก่อนบริเวณจุดสับรางก่อนเข้าถึงสถานีแล้วค่อยมาจอดเทียบที่ชานชาลาบริเวณชั้น 4 ของสถานี ผู้โดยสารที่มาจากสถานีรายทางจะต้องลงจากขบวนรถทั้งหมด และเนื่องจากที่ชั้น 4 เป็นชานชาลาเกาะกลาง ผู้โดยสารที่จะโดยสารไปยังสถานีจรัญฯ 13 - สถานีบางซื่อ - สถานีหลักสอง จะใช้ชานชาลาร่วมกับผู้โดยสารที่เดินทางมาจากสถานีรายทาง โดยผู้โดยสารที่จะโดยสารไปยังสถานีดังกล่าวจะต้องรอจนกว่าผู้โดยสารที่มาจากสถานีรายทางออกจากขบวนรถทั้งหมด และรอให้เจ้าหน้าที่ทำการตรวจสอบสภาพรถไฟฟ้าให้เรียบร้อยเสียก่อน

อนึ่ง ผู้โดยสารจากสถานีเตาปูน-สถานีจรัญฯ 13 ที่ต้องการเดินทางไปสถานีบางไผ่-สถานีหลักสอง หรือ สถานีอิสรภาพ-สถานีหัวลำโพง สามารถลัดเส้นทางด้วยการเปลี่ยนขบวนรถที่ชานชาลาหมายเลข 1 (มุ่งหน้า สถานีหลักสอง) หรือชานชาลาหมายเลข 2 (มุ่งหน้า สถานีอิสรภาพ - สถานีบางซื่อ - สถานีท่าพระ) โดยใช้บันไดทางลงจากชั้น 4 มายังชั้น 3 ได้ทันที ไม่ต้องโดยสารย้อนกลับไปทางสถานีบางซื่อตามเส้นทางเดิม และเช่นกันกับผู้โดยสารที่มาจากสถานีหลักสอง-สถานีบางไผ่ หรือจากสถานีหัวลำโพง-สถานีอิสรภาพ ที่ต้องการเดินทางไปสถานีจรัญฯ 13-สถานีเตาปูน สามารถลัดเส้นทางด้วยการเปลี่ยนขบวนรถที่ชานชาลาหมายเลข 3 หรือ 4 (มุ่งหน้า สถานีจรัญฯ 13 - สถานีบางซื่อ - สถานีหลักสอง) โดยใช้บันไดทางขึ้นไปชั้น 4 จากชานชาลาหมายเลข 1 หรือชานชาลาหมายเลข 2 ได้ทันที โดยไม่ต้องโดยสารย้อนกลับไปทางสถานีหัวลำโพงตามเส้นทางเดิม