สำนักงานเลขานุการคณะกรรมการวัคซีนแห่งชาติ (พ.ศ. 2545)

ตามมติคณะรัฐมนตรีเมื่อวันที่ 10 เมษายน 2544 ได้มีการแต่งตั้งคณะกรรมการวัคซีนแห่งชาติ โดยมีรัฐมนตรีว่าการกระทรวงสาธารณสุขเป็นประธาน มีอำนาจหน้าที่สำคัญในการกำหนดนโยบายในด้านการพัฒนางานวัคซีนและการสร้างเสริมภูมิคุ้มกันโรคของประเทศ ทั้งนี้ เพื่อให้การดำเนินงานของคณะกรรมการวัคซีนแห่งชาติเป็นไปอย่างมีประสิทธิภาพ กระทรวงสาธารณสุขจึงมีคำสั่งตั้งสำนักงานเลขานุการคณะกรรมการวัคซีนแห่งชาติ ตามคำสั่งกระทรวงสาธารณสุขที่ 857/2545 ลงวันที่ 3 ตุลาคม 2545 เพื่อทำหน้าที่สนับสนุนอำนวยความสะดวกในการจัดประชุม และประสานติดตามงานตามมติคณะกรรมการวัคซีนแห่งชาติและคณะอนุกรรมการที่เกี่ยวข้องจำนวนทั้งสิ้น 4 คณะ ได้แก่ คณะอนุกรรมการส่งเสริมการวิจัยและพัฒนาวัคซีน คณะอนุกรรมการส่งเสริมการผลิตวัคซีนในประเทศ คณะอนุกรรมการพัฒนาระบบการประกันและควบคุมคุณภาพวัคซีน และคณะอนุกรรมการสร้างเสริมภูมิคุ้มกันโรค

สำนักงานคณะกรรมการวัคซีนแห่งชาติ (พ.ศ. 2550)

ต่อมาคณะกรรมการวัคซีนแห่งชาติ โดยคณะอนุกรรมการทั้งสี่คณะ ได้จัดทำนโยบายและแผนยุทธศาสตร์วัคซีนแห่งชาติ เพื่อขอความเห็นชอบต่อคณะรัฐมนตรี เมื่อวันที่ 10 มิถุนายน 2548 และได้รับความเห็นชอบเมื่อวันที่ 9 สิงหาคม 2548 ประกาศเป็น "นโยบายและแผนยุทธศาสตร์วัคซีนแห่งชาติ" โดยกำหนดให้มีการจัดตั้งหน่วยงานกลางที่มีความสามารถและคล่องตัว ทำหน้าที่ประสานงานและส่งเสริมความร่วมมือระหว่างหน่วยงานภาครัฐและเอกชนทั้งในประเทศและระหว่างประเทศที่เกี่ยวข้องกับวัคซีนอย่างครบวงจร คณะกรรมการวัคซีนแห่งชาติจึงมอบหมายให้สำนักงานเลขานุการคณะกรรมการวัคซีนแห่งชาติหารือกับประธานและเลขานุการอนุกรรมการทั้งสี่คณะ รวมทั้งผู้เชี่ยวชาญที่เกี่ยวข้องจัดทำร่างเบื้องต้นของพระราชกฤษฎีกาจัดตั้งสถาบันวัคซีนแห่งชาติ (องค์การมหาชน) พ.ศ. .... เสนอต่อคณะกรรมการฯ เพื่อพิจารณาในการประชุมคณะกรรมการฯ ครั้งที่ 1/2549 เมื่อวันที่ 27 มีนาคม 2549 ซึ่งที่ประชุมได้พิจารณาปรับแก้ในหลายมาตรา และให้เร่งนำเสนอต่อคณะรัฐมนตรีเพื่อพิจารณา

จนวันที่ 24 มกราคม 2550 คณะกรรมการวัคซีนแห่งชาติจึงมีมติในการประชุมครั้งที่ 1/2550 ให้ฝ่ายเลขานุการประสานงานเพื่อจัดตั้งสำนักงานคณะกรรมการวัคซีนแห่งชาติเป็นหน่วยงานขึ้นกับกระทรวงสาธารณสุข โดยให้กำหนดบทบาทหน้าที่ให้ชัดเจน และจัดให้มีบุคลากรที่เหมาะสมทำงานเต็มเวลา มีที่ตั้งสำนักงานภายในกระทรวงสาธารณสุข และจัดหางบประมาณให้สำหรับปีงบประมาณ 2550-2551 ให้เร่งดำเนินการ และรายงานความคืบหน้าให้ที่ประชุมทราบในการประชุมครั้งต่อไปภายในเวลา 1 เดือน และให้สำนักงานฯ ดำเนินการร่างพระราชบัญญัติสถาบันวัคซีนแห่งชาติเสนอคณะรัฐมนตรีและสภานิติบัญญัติแห่งชาติต่อไปกรมควบคุมโรคจึงมีคำสั่งที่ 266/2550 เรื่องตั้งสำนักงานคณะกรรมการวัคซีนแห่งชาติ เป็นการภายใน สังกัดกรมควบคุมโรค ลงวันที่ 21 มีนาคม 2550 โดยมีสถานที่ตั้ง ณ อาคาร 4 ชั้น 2 กรมควบคุมโรค

สถาบันวัคซีนแห่งชาติ (พ.ศ. 2553)

ต่อมาสำนักงานคณะกรรมการวัคซีนแห่งชาติ ได้ดำเนินการจัดตั้งหน่วยงานกลางด้านวัคซีนของประเทศ โดยการยกร่างพระราชบัญญัติสถาบันวัคซีนแห่งชาติ พ.ศ. .... อย่างไรก็ตามเป็นที่ทราบกันดีว่า การเสนอกฎหมายโดยการตราเป็นพระราชบัญญัติมักจะใช้ระยะเวลาพิจารณาจากทั้งสภาผู้แทนราษฎรและวุฒิสภาเป็นเวลานาน ซึ่งจะส่งผลให้การพัฒนางานด้านวัคซีนของประเทศไม่ทันต่อสถานการณ์และสภาพปัญหา คณะกรรมการวัคซีนแห่งชาติจึงมีมติให้ยกร่างระเบียบสำนักนายกรัฐมนตรีว่าด้วยการขับเคลื่อนนโยบายและแผนยุทธศาสตร์วัคซีนแห่งชาติ พ.ศ. .... และให้มีการจัดตั้งสถาบันวัคซีนแห่งชาติขึ้น เพื่อทำหน้าที่ประสานพหุภาคี ติดตามการดำเนินงานตามนโยบายและแผนยุทธศาสตร์ฯ ตลอดจนบริหารจัดการการวิจัยพัฒนาและการผลิตวัคซีนของประเทศให้มีประสิทธิภาพ และคณะรัฐมนตรีได้มีมติเห็นชอบในหลักการเมื่อวันที่ 30 พฤศจิกายน 2553 ที่ผ่านมา

กรมควบคุมโรคจึงจัดพิธีเปิดป้าย “สถาบันวัคซีนแห่งชาติ” ขึ้น เมื่อวันที่ 17 ธันวาคม 2553 โดยมีรัฐมนตรีว่าการกระทรวงสาธารณสุข นายจุรินทร์ ลักษณวิศิษฏ์ เป็นประธาน ทั้งนี้ได้จัดพิธีลงนามในโครงการความร่วมมือระหว่างกรมควบคุมโรคและมหาวิทยาลัยมหิดล เพื่อพัฒนาวัคซีนเดงกี่ด้วย

สถาบันวัคซีนแห่งชาติ (องค์การมหาชน)

เมื่อวันที่ 10 สิงหาคม พ.ศ. 2555 พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช มีพระบรมราชโองการโปรดเกล้าฯ ให้ประกาศว่า โดยที่เป็นการสมควรจัดตั้งสถาบันวัคซีนแห่งชาติขึ้นเป็นองค์การมหาชนตามกฎหมายว่าด้วย องค์การมหาชน อาศัยอำนาจตามความในมาตรา 187 ของรัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทย และมาตรา 5 แห่งพระราชบัญญัติองค์การมหาชน พ.ศ. 2542 จึงทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้ตราพระราชกฤษฎีกาขึ้นไว้ เรียกว่า “พระราชกฤษฎีกาจัดตั้งสถาบันวัคซีนแห่งชาติ(องค์การมหาชน) พ.ศ. 2555” โดยให้เป็น"สถาบันวัคซีนแห่งชาติ (องค์การมหาชน)" เรียกโดยย่อว่า "สวช" และชื่อภาษาอังกฤษว่า "National Vaccine Institute (Public Organization)" เรียกโดยย่อว่า "NVI" มีวัตถุประสงค์เพื่อให้เป็นหน่วยงานกลางด้านวัคซีนที่มีความเป็นอิสระและคล่องตัวในการดำเนินงาน ที่ทำหน้าที่ในการบริหารจัดการด้านการวิจัย พัฒนา และผลิตวัคซีน เพื่อให้มีเพียงพอที่จะใช้ ภายในประเทศไม่ว่าในสถานการณ์ปกติและสถานการณ์ฉุกเฉิน รวมทั้งทำหน้าที่บริหารจัดการและประสานความร่วมมือ กับหน่วยงานภาครัฐและภาคเอกชนที่เกี่ยวข้องทั้งในประเทศและต่างประเทศ ตลอดจนทำหน้าที่เป็นศูนย์พัฒนาข้อมูล และสร้างองค์ความรู้ เทคโนโลยี และนวัตกรรมด้านวัคซีน รวมทั้งให้บริการทางวิชาการและฝึกอบรมเพื่อการพัฒนา บุคลากรด้านวัคซีน

สถาบันวัคซีนแห่งชาติ (พ.ศ. 2561)

ต่อมาเมื่อมีพระราชโองการโปรดเกล้าฯ ให้ตราพระราชบัญญัติความมั่นคงด้านวัคซีนแห่งชาติ พ.ศ. 2561 ในราชกิจจานุเบกษา จึงเปลี่ยนชื่อเป็น "สถาบันวัคซีนแห่งชาติ" โดยตัดคำว่า "องค์การมหาชน" ออกตามที่บัญญัติไว้ในมาตรา 3 และมาตรา 53 ให้พระราชกฤษฎีกาจัดต้งสถาบันวัคซีนแห่งชาติ (องค์การมหาชน) พ.ศ. 2555 เป็นอันยกเลิก โดยให้สถาบันวัคซีนแห่งชาติมีบทบาทและหน้าที่ตามที่กำหนดไว้ในพระราชบัญญัติความมั่นคงด้านวัคซีนแห่งชาติ พ.ศ. 2561