สถาบันวิจัยภาษาและวัฒนธรรมเอเชีย มหาวิทยาลัยมหิดล เริ่มดำเนินงานในปี พ.ศ. 2517 มีฐานะเป็น “โครงการศูนย์ศึกษาวิจัยภาษาและวัฒนธรรมอาเชียอาคเนย์” ทั้งนี้เนื่องมาจากการที่มหาวิทยาลัยมหิดลได้เล็งเห็นความจำเป็นของการผลิตนักวิชาการที่มีความรู้และความเข้าใจวิธีการทางภาษาศาสตร์ ในอันที่จะนำไปใช้ให้เกิดประโยชน์ในการติดต่อสื่อสาร การทำความเข้าใจกับผู้คนที่มีเชื้อสาย เผ่าพันธุ์ ขนบธรรมเนียมประเพณีและการพูดแตกต่างจากคนไทยโดยทั่วไป ไม่ว่าภาษาเหล่านี้จะเป็นภาษากลุ่ม ชาติพันธุ์ต่าง ๆ ในประเทศ หรือภาษาของผู้คนในภูมิภาคเอเชียอาคเนย์

โครงการศูนย์ศึกษาวิจัยภาษาและวัฒนธรรมเอเชียอาคเนย์แห่งนี้มี ศาสตราจารย์ ดร. คุณหญิงสุริยา รัตนกุล เป็นผู้ก่อตั้งและเป็น ผู้อำนวยการคนแรก มีที่ทำการอยู่ที่อาคารอำนวยการคณะแพทยศาสตร์ศิริราชพยาบาล มหาวิทยาลัยมหิดล

ต่อมาในปี พ.ศ. 2524 ได้รับการยกฐานะเป็น "สถาบันวิจัยภาษาและวัฒนธรรมเพื่อพัฒนาชนบท" โดยมีฐานะเทียบเท่าคณะหนึ่งในมหาวิทยาลัยมหิดล [1] และในปี พ.ศ. 2525 ได้ย้ายที่ทำการมาอยู่ที่มหาวิทยาลัยมหิดล ตำบลศาลายา อำเภอพุทธมณฑล จังหวัดนครปฐม

โดยในระยะแรกมีที่ทำการสถาบันฯ ณ อาคารคณะสังคมศาสตร์และมนุษยศาสตร์ มหาวิทยาลัยมหิดล ต่อมาได้ย้ายที่ทำการไปอยู่ ณ อาคารเรียนรวมบัณฑิตวิทยาลัย มหาวิทยาลัยมหิดล จนเมื่อการก่อสร้างอาคารของสถาบันฯ แล้วเสร็จในปลายปี พ.ศ. 2542 จึงได้ย้ายที่ทำการมาอยู่ ณ อาคารภาษาและวัฒนธรรมสยามบรมราชกุมารี ตำบลศาลายา อำเภอพุทธมณฑล จังหวัดนครปฐม ซึ่งนอกจาก อาคารดังกล่าวแล้วสถาบันฯ ยังมีอาคารเรือนไทย (ระเบียบ คุณะเกษม) ซึ่งใช้เป็นสถานที่สำหรับจัดกิจกรรมทำนุบำรุงศิลปวัฒนธรรม และกิจกรรมอื่น ๆ ตลอดมา [2]