สถาบันไทยคดีศึกษาก่อตั้งขึ้นเมื่อปี พ.ศ. 2514 โดยมีวัตถุประสงค์ที่จะอนุรักษ์ความเป็นไทยภายใต้กระแสวัฒนธรรมตะวันตก และสร้างองค์ความรู้เกี่ยวกับสังคมไทยโดยไม่ลอกตำราฝรั่ง การดำเนินงานในระยะแรกอยู่ในรูปของโครงการวิชาการ โดยมีศาสตราจารย์ ม.ร.ว. คึกฤทธิ์ ปราโมช เป็นประธานคณะกรรมการบริหารโครงการ และ อาจารย์ ดร.นิออน สนิทวงศ์ ณ อยุธยา เป็นผู้อำนวยการ ศาสตราจารย์ พระเจ้าวรวงศ์เธอ พระองค์เจ้าวรรณไวทยากร กรมหมื่นนราธิปพงศ์ประพันธ์ อธิการบดีมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ในขณะนั้น ประทานชื่อโครงการว่า “ไทยคดีศึกษา”

ในการสัมมนาและสาธิตเรื่อง "นาฏศิลป์และดนตรีไทย" เมื่อเดือนมิถุนายน พ.ศ. 2515 ศาสตราจารย์ ม.ร.ว. คึกฤทธิ์ ปราโมช ได้กล่าวถึงภารกิจของโครงการไทยคดีศึกษา ดังนี้

... มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์เป็นสถาบันระดับอุดมศึกษาซึ่งได้แสดงความสนใจและเอาใจใส่ในกิจการวิชา อันจะส่งเสริมความเข้าใจในหมู่คณาจารย์และนักศึกษาในเรื่องที่เกี่ยวข้องกับสังคมไทยโดยตรง ถึงแม้ว่าวิชาการสาขาต่างๆ ในปัจจุบันได้พัฒนาก้าวหน้ารวดเร็วขึ้นทุกที แต่ความก้าวหน้าเหล่านั้นมักเป็นผลของการค้นคว้ารวบรวมเป็นหลักทฤษฎีจากฝ่ายวัฒนธรรมตะวันตกทั้งสิ้น ฉะนั้น การจะนำแนวคิดและหลักการเหล่านั้นมาสอนหรือมาใช้ในบ้านเรานั้น จำเป็นที่จะต้องมีการเลือกสรรให้เหมาะสมกับสภาพความเป็นจริงและความต้องการของสังคมไทยโดยเฉพาะ อนึ่ง ศิลปวิทยาการของไทยเราเองซึ่งสืบเนื่องมาแต่บุพกาลนั้นเล่า เมื่อประสบความก้าวหน้าของวัฒนธรรมสมัยใหม่มักจะถูกละทิ้งให้เหี่ยวแห้งหรือผสมปนเปกับวัฒนธรรมภายนอกจนแปรเปลี่ยนลักษณะไป จริงอยู่วัฒนธรรมเป็นสิ่งไม่หยุดนิ่ง ต้องเปลี่ยนแปลงก้าวหน้าอยู่เสมอ แต่การสร้างสรรค์ปรับปรุงวัฒนธรรมนั้นจำเป็นต้องมีแนวทางอันถูกต้อง เพื่อผดุงไว้ซึ่งเอกลักษณ์ของวัฒนธรรมไทย อันจะเป็นปัจจัยสำคัญที่จะยึดเหนี่ยวความรู้สึกร่วมกันของสมาชิกทุกฝ่ายของสังคมไทย...

โครงการไทยคดีศึกษาได้รับการยกฐานะขึ้นเป็น “สถาบันไทยคดีศึกษา” ตามประกาศทบวงมหาวิทยาลัย ลงวันที่ 3 มีนาคม พ.ศ. 2518 มีหน้าที่ศึกษาวิจัยและเรียบเรียงตำราในเรื่องเกี่ยวกับสังคมไทยเพื่อประโยชน์ในด้านการเรียนการสอนและการพัฒนาประเทศ ต่อมาในปี พ.ศ. 2520 สภามหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์มีมติให้สถาบันไทยคดีศึกษาขยายขอบข่ายงานออกเป็นสถาบันวิจัยแห่งมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ทำหน้าที่กำหนดนโยบายวิจัยของมหาวิทยาลัย จัดสรรทุนวิจัยแก่อาจารย์และข้าราชการ ให้คำปรึกษาและเผยแพร่งานวิจัยในทุกสาขาวิชา จนถึงปี พ.ศ. 2548 บทบาทดังกล่าวจึงยุติลง

ในช่วงสามทศวรรษแรกของการดำเนินงาน สถาบันไทยคดีศึกษาได้ผลิตงานวิจัยมากกว่า 200 ชิ้น มีทั้งงานวิจัยของนักวิจัยประจำสถาบันและงานวิจัยของคณาจารย์สาขาต่างๆ ซึ่งสถาบันทำหน้าที่บริหารโครงการวิจัยและส่วนใหญ่เป็นเรื่องของไทย นอกจากนี้สถาบันยังได้ผลิตตำราที่มีคุณภาพออกสู่วงวิชาการอีกเป็นจำนวนมาก สำหรับงานวิจัยของสถาบันนั้น นับตั้งแต่ พ.ศ. 2520 เป็นต้นมาได้มีการขยายขอบเขตงานวิจัยจากงานด้านมนุษยศาสตร์ ออกไปสู่งานวิจัยทางสังคมศาสตร์ สังคมวิทยา และมานุษยวิทยา

ปัจจุบันสถาบันไทยคดีศึกษาทำหน้าที่เป็นสถาบันวิจัยด้านไทยศึกษา มีบทบาทหน้าที่ในการค้นคว้าวิจัยเพื่อสร้างองค์ความรู้เกี่ยวกับสังคมไทย ควบคู่ไปกับการทำนุบำรุงศิลปะและวัฒนธรรมและการเผยแพร่ความรู้สู่สังคมในรูปแบบต่างๆ ภายใต้ปรัชญา “เข้าใจอดีต รู้ทันปัจจุบัน สร้างสรรค์อนาคต” พร้อมกันนั้นสถาบันมีนโยบายที่จะสร้างสังคมแห่งการเรียนรู้และสมานฉันท์ ปลูกฝังคุณธรรม/จริยธรรมแก่เยาวชน ส่งเสริมการศึกษาศิลปวัฒนธรรมโดยเชื่อมโยงกับประเทศเพื่อนบ้านซึ่งมีความสัมพันธ์ทางประวัติศาสตร์และวัฒนธรรมกับไทย และสร้างเครือข่ายความร่วมมือทางวิชาการกับองค์กรต่างๆ ทั้งในระดับท้องถิ่น ระดับชาติและนานาชาติ