สถาบันไทยคดีศึกษา มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ มีการแบ่งส่วนงาน ออกเป็นดังนี้

ผู้บริหาร

ฝ่ายวิจัย

ประกอบด้วยนักวิจัยที่สนใจศึกษาเกี่ยวกับประวัติศาสตร์ศิลปะ วัฒนธรรม สังคมศาสตร์ การท่องเที่ยว ฯลฯ ตามความสนใจและเชี่ยวชาญเฉพาะบุคคล ภารกิจประกอบด้วยการวิจัย การเขียนบทความวิชาการ การจัดสัมมนาผ่านการจัดโครงการบริการวิชาการแก่สังคม ทั้งนี้ นักวิจัยจะขึ้นตรงต่อคณะผู้บริหารประจำสถาบันฯ การดำเนินงานมีทั้งที่ดำเนินการโดยทุนวิจัยภายในของสถาบันไทยคดีศึกษา ทุนของมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ และความร่วมมือกับแหล่งทุนภายนอก เช่น ทุนจากงบประมาณแผ่นดิน ทุนจากหน่วยงานที่มีการทำข้อตกลงร่วมกัน เป็นต้น

สำนักงานเลขานุการสถาบันไทยคดีศึกษา

แบ่งออกเป็น

งานบริหารและธุรการ ประกอบด้วย

1. หน่วยสารบรรณ
2. หน่วยการเจ้าหน้าที่
3. หน่วยการประชุม
4. หน่วยการเงินและบัญชี
5. หน่วยงบประมาณ นโยบายและแผน
6. หน่วยพัสดุ
7. หน่วยอาคารสถานที่และยานพาหนะ
   

งานบริการวิชาการ ประกอบด้วย

1. หน่วยสัมมนา/ประชุมทางวิชาการ
2. หน่วยทำนุบำรุงศิลปะและวัฒนธรรม
3. หน่วยจัดพิมพ์เอกสารประกอบโครงการบริการวิชาการแก่สังคมเพื่อการเผยแพร่
4. หน่วยเผยแพร่และประชาสัมพันธ์
5. หน่วยประกันคุณภาพ
6. หน่วยบริหารจัดการข้อตกลงความร่วมมือกับหน่วยงาน องค์กร สถาบัน ทั้งภายในและต่างประเทศ (MOU)
   

1. หน่วยบริหารโครงการวิจัย
2. หน่วยดำเนินการและจัดพิมพ์วารสารไทยคดีศึกษา
3. หน่วยวางแผนและจัดพิมพ์เผยแพร่ผลงานวิจัยและบทความวิจัย
4. หน่วยสารสนเทศเพื่อการวิจัย
5. หน่วยพัฒนาบุคลากรทางการวิจัย
6. หน่วยคลังสิ่งพิมพ์ของสถาบันฯ