วันที่ 6 ตุลาคม พ.ศ. 2552 ได้รับการเลือกตั้งจากสมาชิกพรรค เป็นหัวหน้าพรรคการเมืองใหม่ [20] ทั้ง ๆ ที่ก่อนหน้านั้นในรายการเมืองไทยรายสัปดาห์สัญจร นายสนธิได้ประกาศว่าจะไม่เล่นการเมืองและไม่รับตำแหน่งทางการเมืองทั้งสิ้นตลอดชีวิตนี้ หากตระบัดสัตย์เมื่อไหร่ ให้แฟนรายการของตนที่เป็นผู้ชายถุยน้ำลายใส่หน้า ผู้ที่เป็นผู้หญิงถอดรองเท้าส้นสูงตบหน้าตนได้ทันที[21][22]

วันที่ 14 พฤษภาคม พ.ศ. 2553 สนธิประกาศลาออกจากตำแหน่งหัวหน้าพรรคการเมืองใหม่ เพื่อกลับมาทำงานภาคประชาชนในฐานะแกนนำพันธมิตรประชาชนเพื่อประชาธิปไตยเช่นเดิม [23][24]