สมเด็จพระพนรัตน์ป่าแก้ว มีประวัติตอนต้นอย่างไรไม่ปรากฏ แต่ได้อุปสมบทจนมีสมณศักดิ์เป็นสมเด็จพระพนรัตน์ ซึ่งเป็นสมณศักดิ์เจ้าคณะใหญ่ฝ่ายอรัญวาสี[1] พระราชพงศาวดาร ฉบับพันจันทนุมาศ (เจิม) ระบุว่าหลังสงครามยุทธหัตถี สมเด็จพระนเรศวรมหาราชและสมเด็จพระเอกาทศรถทรงพระราชดำริว่าเหล่านายทัพนายกองตามเสด็จไม่ทันขณะรบ ปล่อยให้ช้างพระที่นั่งของทั้งสองพระองค์เข้าไปอยู่ท่ามกลางข้าศึก จึงรับสั่งให้เอานายทัพนายกองทั้งหมดไปจองจำไว้ 3 วัน พอพ้นวันอุโบสถแล้วจะให้สำเร็จโทษตามพระอัยการศึก[2]

เมื่อถึงวันอาทิตย์ซึ่งเป็นวันอุโบสถ[ก] สมเด็จพระพนรัตน์ป่าแก้วและพระราชาคณะ 25 รูป เข้ามาสอบถามเหตุที่ลงราชทัณฑ์นายทัพนายกอง แล้วถวายพระพรว่า พระโคตมพุทธเจ้าขณะประทับเพียงลำพังใต้ต้นพระศรีมหาโพธิ์ ปราศจากเทพเจ้าสักองค์อยู่ถวายอารักขา ก็ทรงชนะท้าววสวัตตีพร้อมทั้งกองทัพได้เป็นมหัศจรรย์ เช่นเดียวกันหากทรงมีชัยชนะเพราะมีทหารตามเสด็จจำนวนมาก ก็จะไม่เป็นพระเกียรติยศมหัศจรรย์ปรากฏต่อนานาประเทศ สมเด็จพระนเรศวรทรงพอพระทัยตรัสว่าสาธุ ๆ สมเด็จพระพนรัตน์จึงถวายพระพรต่อว่าข้าราชการเหล่านี้ทำงานมาตั้งแต่รัชสมัยสมเด็จพระมหาธรรมราชาจนถึงรัชกาลปัจจุบัน จึงขอพระราชทานบิณฑบาตโทษไว้สักครั้งหนึ่ง จะได้รับราชการต่อไป สมเด็จพระนเรศวรพระราชทานอภัยโทษตามที่ท่านขอ แต่จะให้ไปตีเมืองตะนาวศรี เมืองทวาย เป็นการแก้ตัวแทน สมเด็จพระพนรัตน์ถวายพระพรว่าแล้วแต่จะทรงสงเคราะห์ เพราะการรบไม่ใช่กิจของสงฆ์ แล้วถวายพระพรลา[3]