ตลอดชีวิตของสมเด็จพระพุทธโฆษาจารย์ ท่านได้ใช้ความรู้พระไตรปิฎกแท้ ๆ เพื่อช่วยปกป้องสังฆมณฑลในประเทศไทยหลายกรณี ไม่ว่า กรณีสันติอโศกหรือกรณีวัดพระธรรมกาย ท่านได้ช่วยชี้แจงให้คนไทยได้รับทราบถึงข้อมูลเกี่ยวกับพระไตรปิฎกที่ถูกต้องเอาไว้หลายครั้ง ในขณะเดียวกัน ท่านยังมีบทบาทในการชี้แนะสังคมไทยในด้านการบริหารประเทศหลายครั้ง เช่น ในหนังสือ มองอเมริกาแก้ปัญหาไทย ได้ชี้ให้เห็นถึงอิทธิพลของระบบทุนนิยมเสรีในประเทศไทย และยังได้ชี้ให้เห็นว่าสังคมตะวันตก หรืออเมริกา มีแง่มุมที่ไม่ควรเป็นแบบอย่างในการพัฒนาประเทศไทย ที่จะทำให้เน้นแต่พัฒนาวัตถุ ทำให้นักคิดไทยหลายคนตื่นตัวมาหาหลักพุทธธรรมเป็นแนวในการพัฒนา จนได้รับการถวายปริญญาดุษฎีบัณฑิตกิตติมศักดิ์ และเกียรติคุณต่างๆ ดังนี้

• พุทธศาสตรดุษฎีบัณฑิตกิตติมศักดิ์ มหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย พ.ศ. ๒๕๒๕
• ศิลปศาสตรดุษฎีบัณฑิตกิตติมศักดิ์ (สาขาปรัชญา) มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ พ.ศ. ๒๕๒๙
• ศึกษาศาสตรดุษฎีบัณฑิตกิตติมศักดิ์ (สาขาหลักสูตรและการสอน) มหาวิทยาลัยศิลปากร พ.ศ. ๒๕๒๙
• ศิลปศาสตรดุษฎีบัณฑิตกิตติมศักดิ์ (ศึกษาศาสตร์-การสอน) มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ พ.ศ. ๒๕๓๐
• อักษรศาสตรดุษฎีบัณฑิตกิตติมศักดิ์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย พ.ศ. ๒๕๓๑
• ศิลปศาสตรดุษฎีบัณฑิตกิตติมศักดิ์ (สาขาภาษาศาสตร์) มหาวิทยาลัยมหิดล พ.ศ. ๒๕๓๑
• การศึกษาดุษฎีบัณฑิตกิตติมศักดิ์ (สาขาปรัชญาการศึกษา) มหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒ พ.ศ. ๒๕๓๓
• ปรัชญาดุษฎีบัณฑิตกิตติมศักดิ์ สาขาปรัชญาศึกษาศาสตร์ มหาวิทยาลัยรามคำแหง พ.ศ. ๒๕๓๖
• ศึกษาศาสตรดุษฎีบัณฑิตกิตติมศักดิ์ มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ พ.ศ. ๒๕๓๗
• ตรีปิฏกาจารย์กิตติมศักดิ์ (สาขาปรัชญา) นวนาลันทามหาวิหาร รัฐพิหาร ประเทศอินเดีย พ.ศ. ๒๕๓๘
• อักษรศาสตรดุษฎีบัณฑิตกิตติมศักดิ์ (จริยศาสตร์ศึกษา) มหาวิทยาลัยมหิดล พ.ศ. ๒๕๓๘
• วิทยาศาสตร์ดุษฎีบัณฑิตกิตติมศักดิ์ มหาวิทยาลัยเชียงใหม่ พ.ศ. ๒๕๔๑
• ศาสนศาสตร์ดุษฎีบัณฑิตกิตติมศักดิ์ สาขาพุทธศาสตร์ จากมหาวิทยาลัยมหามกุฎราชวิทยาลัย พ.ศ. ๒๕๔๔
• ครุศาสตร์ดุษฎีบัณฑิตกิตติมศักดิ์ สาขาพระพุทธศาสนา สถาบันราชภัฏบ้านสมเด็จเจ้าพระยา พ.ศ. ๒๕๔๔
• ศิลปศาสตรดุษฎีบัณฑิตกิตติมศักดิ์ สาขาปรัชญาวิชาการบริหารองค์กร มหาวิทยาลัยศรีปทุม พ.ศ. ๒๕๔๕
• ปรัชญาดุษฎีบัณฑิตกิตติมศักดิ์ สาขาวิชาศาสนาและปรัชญา มหาวิทยาลัยบูรพา พ.ศ. ๒๕๕๒
• ปรัชญาดุษฎีบัณฑิตกิตติมศักดิ์ สาขาวิชาการศึกษา มหาวิทยาลัยนเรศวร พ.ศ. ๒๕๕๒
• นิเทศศาสตรดุษฎีบัณฑิตกิตติมศักดิ์ มหาวิทยาลัยสุโขทัยธรรมาธิราช พ.ศ. ๒๕๕๒
• ปรัชญาดุษฎีบัณฑิตกิตติมศักดิ์ (พัฒนาทรัพยากรมนุษย์) สถาบันบัณฑิตพัฒนบริหารศาสตร์ พ.ศ. ๒๕๕๓
• ศึกษาศาสตรดุษฎีบัณฑิตกิตติมศักดิ์ มหาวิทยาลัยหาดใหญ่ พ.ศ. ๒๕๕๔

• พ.ศ. ๒๕๒๕ ได้รับการประกาศเกียรติคุณ ในฐานะผู้ทำคุณประโยชน์แก่พระพุทธศาสนา ในการฉลอง ๒๐๐ ปี กรุงรัตนโกสินทร์
• พ.ศ. ๒๕๒๕ ได้รับรางวัลวรรณกรรมชั้นที่ ๑ ประเภทร้อยแก้ว สำหรับงานนิพนธ์พุทธธรรม จากมูลนิธิ ธนาคารกรุงเทพ
• พ.ศ. ๒๕๓๒ ได้รับพระราชทานโล่รางวัล 'มหิดลวรานุสรณ์'
• พ.ศ. ๒๕๓๒ ได้รับโล่ผู้ทำคุณประโยชน์ต่อการศึกษา ในวาระครบรอบ ๒๐ ปี คณะศึกษาศาสตร์ มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์
• พ.ศ. ๒๕๓๓ ได้รับรางวัลกิตติคุณสัมพันธ์ 'สังข์เงิน' สาขาเผยแผ่พระพุทธศาสนา
• พ.ศ. ๒๕๓๗ ได้รับรางวัลการศึกษาเพื่อสันติภาพ จากองค์การยูเนสโก (UNESCO Prize for Peace Education)
• พ.ศ. ๒๕๓๘ คณะกรรมการวัฒนธรรมแห่งชาติ ประกาศเชิดชูเกียรติเป็น 'ผู้ทรงคุณวุฒิทางวัฒนธรรม'
• พ.ศ. ๒๕๓๘ สถาบันนวนาลันทา ประเทศอินเดีย ถวายตำแหน่ง "ตรีปิฎอาจารย์" หมายถึงอาจารย์ผู้รู้แตกฉานในพระไตรปิฎก
• พ.ศ. ๒๕๔๑ มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ และมูลนิธิโตโยต้า ประเทศไทย ถวายรางวัล TTF Award (Toyota Thailand Foundation: Honorary Award)สาขาสังคมศาสตร์และ มานุษยวิทยาสำหรับผลงานทางวิชาการดีเด่น หนังสือ 'การพัฒนาที่ยั่งยืน'
• พ.ศ. ๒๕๔๔ รางวัล 'สาโรช บัวศรี ปราชญ์ผู้ทรงศีล' จาก มหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒ
• พ.ศ. ๒๕๔๔ มีพระบรมราชโองการโปรดเกล้าฯ แต่งตั้ง เป็น 'ศาสตราจารย์พิเศษ' ของมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย
• พ.ศ. ๒๕๔๗ มหาวิทยาลัยพระพุทธศาสนาแห่งโลก ถวายตำแหน่ง 'เมธาจารย์' (Most Eminent Scholar) ในฐานะนักปราชญ์ ทางพระพุทธศาสนาสายเถรวาท
• พ.ศ. ๒๕๔๙ มีพระบรมราชโองการโปรดเกล้าฯ แต่งตั้ง เป็นราชบัณฑิตกิตติมศักดิ์[10]
• พ.ศ. ๒๕๕๒ โล่วัชรเกียรติคุณ จาก คณะกรรมการศาสนาศิลปะและวัฒนธรรม
• พ.ศ. ๒๕๕๒ ปูชนียบุคคลด้านภาษาไทย จาก คณะกรรมการวัฒนธรรมแห่งชาติ