พ.ศ. ๒๕๐๕ สำเร็จการศึกษาปริญญาพุทธศาสตร์บัณฑิต (เกียรตินิยมอันดับ ๑) จากมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย และสอบได้ วิชาชุดครู พ.ม. ในปี พ.ศ. ๒๕๐๖ หลังจากสำเร็จการศึกษาเป็นอาจารย์ในมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย เป็นผู้ช่วยเลขาธิการและต่อมาเป็นรองเลขาธิการ จนถึง พ.ศ. ๒๕๑๗ มีบทบาททางด้านการปรับปรุงหลักสูตรการศึกษาของคณะสงฆ์ โดยพยายามเชื่อมโยงความรู้ทางธรรมให้เข้ากับปัญหาสังคมร่วมสมัย เคยดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาสวัดพระพิเรนทร์ กรุงเทพมหานคร ตั้งแต่ พ.ศ. ๒๕๑๕ ถึง พ.ศ. ๒๕๑๙ ต่อมาได้ลาออก และได้ทุ่มเทเวลาให้กับงานด้านวิชาการ ตีพิมพ์ผลงานเป็นหนังสือและบทความออกมาอย่างแพร่หลาย ทั้งร่วมเสวนาและสัมมนาทางวิชาการ กับนักวิชาการและปัญญาชนร่วมสมัยอย่างสม่ำเสมอ หนังสือพุทธธรรม ได้รับการยกย่องว่าเป็นเพชรน้ำเอกของวงการพุทธศาสนา ได้รับดุษฎีบัณฑิตกิตติมศักดิ์ จากมหาวิทยาลัยทั้งในประเทศและต่างประเทศ 10 กว่าแห่ง และได้รับรางวัล "การศึกษาเพื่อสันติภาพ" จากยูเนสโก เมื่อปี พ.ศ. 2537 ซึ่งท่านได้มอบเงินรางวัลทั้งหมดให้แก่กระทรวงศึกษาธิการ เพื่อจัดตั้งกองทุนการศึกษาพระธรรมปิฎกเพื่อสันติภาพ พระ ป.อ. ปยุตโต ได้รับเลื่อนสมณศักดิ์ขึ้นตามลำดับ เป็นพระราชวรมุนี พระเทพเวที พระธรรมปิฎก พระพรหมคุณาภรณ์ และสมเด็จพระพุทธโฆษาจารย์ซึ่งเป็นสมณศักดิ์ที่รู้จักกันอย่างแพร่หลายในปัจจุบัน

ปัจจุบันสมเด็จพระพุทธโฆษาจารย์เป็นจ้าอาวาสวัดญาณเวศกวัน ตำบลบางกระทึก อำเภอสามพราน จังหวัดนครปฐม และดูแลสำนักสงฆ์สายใจธรรม บนเทือกเขาสำโรงดงยาง ตำบลหนองแหน อำเภอพนมสารคาม จังหวัดฉะเชิงเทรา