ในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้ดำรงสมณศักดิ์เสมอพระราชาคณะชั้นสามัญ พระราชทานตาลปัตรแฉกถมปัด และเครื่องยศตามศักดิ์พระราชาคณะ ตั้งฐานานุกรมได้ 2 รูป รับนิตยภัตเดือนละ 3 ตำลึง และเบี้ยหวัดปีละ 2 ชั่งตามเดิม

ต่อมาในปี พ.ศ. 2394 พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ สถาปนาขึ้นเป็นพระองค์เจ้าต่างกรม มีพระนามว่า พระเจ้าวรวงษ์เธอ กรมหมื่นบวรรังษีสุริยพันธุ์ ปิยพรหมจรรย์ธรรมวรยุต ปฏิบัติสุทธคณะนายก พุทธสาสนดิลกบวรัยยะบรรพชิต สรรพธรรมิกกิจโกศล สุวิมลปรีชา ปัญญาอรรคมหาสมณุดม บรมบพิตร และดำรงตำแหน่งเจ้าคณะใหญ่คณะธรรมยุตพระองค์แรก ตั้งฐานานุกรมได้ 11 รูป ได้รับนิตยภัตเดือนละ 5 ตำลึง เบี้ยหวัดปีละ 10 ชั่ง

เมื่อสมเด็จพระมหาสมณเจ้า กรมพระปรมานุชิตชิโนรส สิ้นพระชนม์เมื่อปี พ.ศ. 2396 พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว มิได้ทรงสถาปนาพระเถระรูปใดขึ้นเป็นสมเด็จพระสังฆราชอีกตลอดรัชกาลรวมเป็นระยะเวลา 15 ปี ในระหว่างนั้น พระองค์ทรงดำรงสมณฐานันดรเป็นที่สอง รองจากสมเด็จพระมหาสมณเจ้า กรมพระปรมานุชิตชิโนรส ซึ่งทรงดำรงตำแหน่งมหาสังฆปริณายก

เมื่อปี พ.ศ. 2416 พระองค์เป็นพระราชอุปัธยาจารย์ของพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว หลังจากลาผนวช ทรงตั้งพระทัยจะถวายมหาสมณุตตมาภิเษก แต่กรมหมื่นบวรรังษีสุริยพันธุ์ไม่ทรงรับ เพราะถ่อมพระองค์ว่าจะเป็นเจ้าวังหน้า ไม่ควรข้ามชั้นเจ้านายวังหลวงหลายพระองค์ที่มีพระชันษาสูงกว่า[3] พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวจึงโปรดเกล้า ฯ เลื่อนพระอิสริยยศขึ้นเป็น พระเจ้าบรมวงษ์เธอ กรมพระปวเรศวริยาลงกรณ์ บวรรังษีสุริยพันธุ์ ปิยพรหมจรรย์ธรรมวรยุต ปฏิบัติสุทธะคณะนายก พุทธสาสนดิลกบวรัยยะบรรพชิต สรรพธรรมิกกิจโกศล สุวิมลปรีชา ปัญญาอรรคอนาคาริยรัตโนดม พุทธะวราคมโหรกลากุสโลภาศ ปรมินทรมหาราชหิโตปัธยาจารย์ มโหฬารเมตยาภิธยาไศรย พุทธาทิศรีรัตนไตรคุณารักษ์ อุกฤษฐศักดิ์สกลสังฆปาโมกข์ ประธานาธิบดินทร มหาสมณคะณินทรวโรดม บรมบพิตร ได้รับนิตยภัตเดือนละ 10 ตำลึง เบี้ยหวัดปีละ 30 ชั่ง

การที่เลื่อนพระอิสริยยศครั้งนี้ แม้ว่าพระองค์จะไม่ทรงรับถวายมหาสมณุตมาภิเษกในที่สมเด็จพระสังฆราช แต่พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวก็ถวายพระเกียรติยศในทางสมณศักดิ์สูงสุด เท่ากับทรงเป็นสมเด็จพระสังฆราช และมิได้ทรงสถาปนาพระเถระรูปอื่นใดเป็นสมเด็จพระสังฆราชเป็นระยะเวลาถึง 23 ปี

ในปี พ.ศ. 2434 พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวมีพระราชดำริว่า พระเจ้าบรมวงศ์เธอ กรมพระปวเรศวริยาลงกรณ์ทรงเจริญพระชนมายุไม่มีพระบรมวงศานุวงศ์พระองค์ใดในพระบรมราชตระกูลอันนี้ ที่ล่วงลับไปแล้วก็ดี ยังดำรงอยู่ก็ดี ที่จะมีพระชนมายุเทียมถึง ทั้งยังเป็นที่นับถือของคนทั่วไปทั้งฝ่ายคฤหัสถ์และฝ่ายบรรพชิต พระองค์จึงทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้ตั้งพระราชพิธีมหาสมณุตมาภิเษก เลื่อนพระอิสริยยศเป็นกรมสมเด็จพระ พระราชทานเบญจปฎลเศวตฉัตร ตาลปัตรแฉกพื้นตาด รับนิตยภัตเดือนละ 12 ตำลึง เบี้ยหวัดปีละ 35 ชั่ง ตั้งฐานานุกรมได้เพิ่มอีก 4 รูป มีพระนามตามจารึกในพระสุพรรณบัฏว่า

"พระเจ้าบรมวงษ์เธอ กรมสมเด็จพระปวเรศวริยาลงกรณ์ บวรรังษีสุริยพันธุ์ ปิยพรหมจรรย์ธรรมวรยุต ปฏิบัติสุทธิคณะนายก ธรรมนิติสาธกปวรัยบรรพชิต สรรพธรรมิกกิจโกศล สุวิมลปรีชา ปัญญาอรรคมหาสมณุดม บรมพงษาธิบดี จักรกรีบรมนารถ มหาเสนานุรักษ์อนุราชวรางกูร ปรมินทรบดินทร์สูริย์หิโตปัธยาจารย์ มโหฬารเมตยาภิธยาไศรย์ ไตรปิฎกโหรกลาโกศล เบญจปดลเสวตรฉัตร ศิริรัตโนปลักษณมหาสมณุตมาภิเศกาภิสิต ปรมุกฤษฐสมณศักดิธำรง มหาสงฆปรินายก พุทธสาสนดิลกโลกุตมมหาบัณฑิตย์ สุนทรวิจิตรปฏิภาณ ไวยัตติยญาณมหากระวี พุทธาทิศรีรัตนไตรคุณารักษ์ เอกอรรคมหาอนาคาริยรัตน์ สยามาธิโลกยปฏิพัทธ พุทธบริสัษยเนตร สมณคณินทราธิเบศร์ สกลพุทธจักโรปการกิจ สฤษดิศุภการ มหาปาโมกษประธานวโรดม บรมนารถบพิตร"[4]

ภายหลังพระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัวมีพระราชดำริว่า การเรียกพระนามพระบรมราชวงศ์ซึ่งดำรงสมณศักดิ์เป็นพระประมุขแห่งสังฆมณฑลแต่เดิมนั้นเรียกตามพระอิสริยยศแห่งพระบรมราชวงศ์ ไม่ได้เรียกตามสมณศักดิ์ของพระประมุขแห่งสังฆมณฑล คือ "สมเด็จพระอริยวงศาคตญาณ" หรือที่เรียกอย่างย่อว่า "สมเด็จพระสังฆราช" พระองค์จึงเปลี่ยนคำนำพระนามของพระบรมวงศานุวงศ์ซึ่งดำรงสมณศักดิ์เป็นพระประมุขแห่งสังฆมณฑลว่า "สมเด็จพระมหาสมณเจ้า" เพื่อให้ปรากฏพระนามในส่วนสมณศักดิ์ด้วย ดังนั้น จึงเปลี่ยนคำนำพระนามเป็น "สมเด็จพระมหาสมณเจ้า กรมพระยาปวเรศวริยาลงกรณ์"[5]