สมเด็จพระราชินีซาเลฮาแห่งบรูไน เสด็จพระราชสมภพเมื่อวันที่ 7 ตุลาคม พ.ศ. 2489 ณ หมู่บ้านซัมบิลิง ถนนพระราชวังดารุสลาม เมืองบรูไนทาวน์ (ปัจจุบันคือ บันดาร์เซอรีเบอกาวัน) เขตบรูไนดารุสลาม โดยเป็นธิดาของเปงงีรัน เปอมันชา เปงงีรัน อานะก์ ฮัจญี โมฮัมเหม็ด อาลัม กับเปงงีรัน บาบู รายา เปงงีรัน อานะก์ ฮัจญา เบอซา

พระองค์ทรงได้รับการศึกษาขั้นต้นจากโรงเรียนเอกชนสอนศาสนาจากสุเหร่าในพระราชวังดารุลฮานา ต่อมาพระองค์จึงทรงเข้ารับการศึกษาต่อที่โรงเรียนติงงีเปอเริมปวนรายาอิสตรี (Sekolah Tinggi Perempuan Raja Isteri) ในบันดาร์เซอรีเบอกาวัน โดยพระองค์ได้ศึกษาต่อจนถึงในปี พ.ศ. 2508