สมเด็จพระราชินีฟรีแดรีกีสวรรคตในวันที่ 6 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2524 ในช่วงการลี้ภัยที่กรุงมาดริดในระหว่างการผ่าตัดดวงพระเนตร ได้มีการรายงานการสวรรคตของพระนางในหนังสือพิมพ์ เดอะ นิวยอร์ก ไทม์ว่าทรงสวรรคตระหว่างการผ่าตัดเปลือกพระเนตรที่ซึ่งทรงไปผ่าตัดบ่อยๆ แต่มีข่าวลือว่าพระนางสวรรคตจากการศัลยกรรมพระเนตร บางแหล่งข่าวรายงานว่า พระนางสวรรคตจากภาวะพระหทัยวาย พระศพของพระนางได้ฝังที่ พระราชวังตาโตย