เมื่อวันที่ 16 มกราคม ค.ศ. 2009 สมเด็จพระราชินีฟาบิโอลาประชวรด้วยพระอาการพระปับผาสะอักเสบจนต้องประทับรักษาที่โรงพยาบาลเป็นเวลาถึง 15 วัน เนื่องจากมีพระอาการอยู่ในขั้นวิกฤต[9] แต่หลังการรักษาก็มีพระอาการที่ดีขึ้นและออกมาปฏิบัติพระกรณียกิจได้ตามปกติ

ในเดือนกรกฎาคมปีเดียวกันนั้นเอง ก็มีผู้ไม่ประสงค์ดีพิมพ์เผยแพร่ข่าวตามหน้าหนังสือพิมพ์ว่าสมเด็จพระราชินีฟาบิโอลาจะถูกลอบยิงด้วยหน้าไม้ เมื่อทราบดังนั้นพระองค์จึงปรากฏตัวในช่วงวันฉลองวันชาติเบลเยียมเมื่อวันที่ 21 กรกฎาคม และทรงโบกแอปเปิ้ลที่อยู่ในพระหัตถ์อย่างขบขัน[10] การคุกคามที่เกิดขึ้นภายหลังนี้มีลายมือชื่อใกล้เคียงกับที่ปรากฏในเดือนกรกฎาคม ค.ศ. 2009 ก่อนที่จะปรากฏอีกครั้งในเดือนมกราคม ค.ศ. 2010[11] หลังจากนั้นก็ทรงปรากฏพระองค์น้อยลง ซึ่งอาจสืบเนื่องมาจากภัยคุกคามดังกล่าว หรืออาจมาจากเหตุผลด้านสุขภาพที่มีตามพระชันษาที่สูงขึ้น

สมเด็จพระราชินีฟาบิโอลา ทรงทนทุกข์ทรมานจากการประชวรด้วยกระดูกพรุน และไม่ทรงหายขาดจากอาการพระปับผาสะอักเสบเมื่อครั้งประชวรหนักในปี ค.ศ. 2009 ท้ายที่สุดเมื่อวันที่ 5 ธันวาคม ค.ศ. 2014 ราชสำนักเบลเยียมได้ออกมาประกาศการเสด็จสวรรคตสมเด็จพระราชินีฟาบิโอลา ณ ปราสาทสตุยเวินแบร์ก (Stuyvenbergh Castle)[12] สิริพระชนมพรรษา 86 พรรษา