วันที่ 15 ธันวาคม ค.ศ. 1960 ฟาบิโอลาได้เข้าอภิเษกสมรสกับสมเด็จพระราชาธิบดีโบดวง[7] โดยพิธีอภิเษกสมรสดังกล่าวถูกจัดขึ้นที่โบสถ์ลาเคิน (Laeken) ฟาบิโอลาได้สวมรัดเกล้าอาร์ตเดโก 1926 (1926 Art Deco tiara) ซึ่งได้รับพระราชทานจากสมเด็จพระราชินีอัสตริดแห่งเบลเยียม ซึ่งเป็นพระชนนีของสวามี ส่วนฉลองพระองค์ผ้าซาตินได้รับการออกแบบโดยคริสโตบัล บาเลนเซียกา

ทั้งสองพระองค์ไม่มีพระบุตรด้วยกัน เนื่องจากสุขภาพของสมเด็จพระราชินีไม่เอื้ออำนวย ทรงตั้งพระครรภ์แต่ทรงตก (แท้ง) ไปเสียห้าครั้ง[8] ในกลางปี ค.ศ. 1960 มีการรายงานเกี่ยวกับการประสูติกาลของพระบุตรซึ่งเสียชีวิตตั้งแต่แรกประสูติ ด้วยเหตุการณ์ที่ผ่านมาสมเด็จพระราชินีฟาบิโอลาจึงพระราชทานสัมภาษณ์ในปี ค.ศ. 2008 ความว่า

"คุณก็ทราบดีว่าข้าพเจ้าเสียบุตรไปห้าคน คุณได้เรียนรู้บางสิ่งจากประสบการณ์นี้. ข้าพเจ้ามีปัญหาเกี่ยวกับการตั้งครรภ์ แต่คุณรู้ไหม ว่าสุดท้ายข้าพเจ้าคิดได้ว่าชีวิตช่างเป็นสิ่งที่สวยงาม"[8]

หลังครองคู่มายาวนานหลายปี สมเด็จพระราชาธิบดีโบดวงก็เสด็จสวรรคตลงในปี ค.ศ. 1993 ด้วยเหตุที่กษัตริย์องค์ก่อนไม่มีพระบุตรไว้สืบราชสมบัติ ตำแหน่งพระมหากษัตริย์จึงตกไปสู่พระอนุชาธิราชและได้ครองราชย์ต่อมา คือ สมเด็จพระราชาธิบดีอัลแบร์ที่ 2 พระองค์จึงย้ายออกจากพระราชวังลาเคินไปประทับที่ปราสาทหลังอื่น