การบริหารประเทศของสันนิบาตฯเต็มไปด้วยปัญหาต่างๆมากมายทั้งความขัดแย้งกับพรรคคอมมิวนิสต์ และการก่อกบฏของรัฐกะเหรี่ยงและยะไข่ ฝ่ายของผู้นำเอง มีการแตกแยกเป็นสองฝ่ายชัดเจนคือฝ่ายของนายกรัฐมนตรีอูนุ ทะขิ่นทิน และอูจอดุนฝ่ายหนึ่งกับฝ่ายสังคมนิยมของบะส่วยกับจอเย่ง ความพยายามผ่อนปรนให้ชนกลุ่มน้อยและการส่งเสริมศาสนาพุทธที่ทำให้ผู้นับถือศาสนาอื่นไม่พอใจ เป็นเหตุให้นายพลเนวินทำการปฏิวัติยึดอำนาจการปกครองเมื่อเดือนมีนาคม พ.ศ. 2505 บทบาทของสันนิบาตฯจึงยุติลง