โครงสร้างการบริหารภายในของรัฐบาลไม่ได้เปลี่ยนแปลงมากนักในช่วง พ.ศ. 2522 – 2523 จนกระทั่งในเดือนมิถุนายน พ.ศ. 2524 จึงเกิดโครงสร้างใหม่เป็นสมัชชาแห่งชาติ สภาแห่งรัฐ และสภารัฐมนตรี องค์กรใหม่นี้เกิดขึ้นอย่างช้า ๆ บางส่วนยังทำงานไม่ได้จนถึงเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2525 เพื่อให้สมัชชาแห่งชาติออกกฎหมายเฉพาะออกมาก่อน

ถ้าไม่นับที่ปรึกษาชาวเวียดนาม รัฐบาลของสาธารณรัฐประชามานิตกัมพูชาประกอบด้วยชาวกัมพูชาที่เป็นสมาชิกแนวร่วมปลดปล่อยฯ ในระยะแรกที่ปรึกษาจากเวียดนามเช่น เล ดึ้ก โถ่ ได้ให้สัญญาว่าจะไม่ยุ่งเกี่ยวกับกิจการภายในของกัมพูชา อย่างไรก็ตาม หลังจากที่สถาปนาสาธารณรัฐประชามานิตกัมพูชา เล ดึ้ก โถ่ทำหน้าที่เป็นผู้เชื่อมต่อระหว่างรัฐบาลที่ฮานอยและพนมเปญ โดยรัฐบาลสาธารณรัฐประชามานิตกัมพูชาต้องเดินในช่องทางแคบ ๆ ระหว่างชาตินิยมเขมรกับความเป็นหนึ่งเดียวของอินโดจีนกับเวียดนาม โดยจะต้องไม่กระทบกระเทือนต่อเวียดนาม[3] สมาชิกของรัฐบาลที่แสดงอาการต่อต้านเวียดนามจะถูกเปลี่ยนตัวไป เช่น รส สมัย แปน โสวัณณ์ และจัน ซี จัน ซีนั้นเสียชีวิตอย่างน่าสงสัยที่มอสโกเมื่อ พ.ศ. 2527[49]

สมัชชาแห่งชาติ

องค์กรสูงสุดแห่งรัฐคือสมัชชาแห่งชาติ ที่มาจากการเลือกตั้งโดยตรง และอยู่ในตำแหน่งวาระละ 5 ปี การเลือกตั้งครั้งแรกของสาธารณรัฐประชามานิตกัมพูชาเกิดขึ้นเมื่อ 1 พฤษภาคม พ.ศ. 2524 มีสมาชิก 117 คน ในช่วงแรก สมัชชาทำหน้าที่ในการร่างรัฐธรรมนูญใหม่และคัดเลือกบุคลากรสำหรับหน่วยงานของรัฐที่กำหนดโดยรัฐธรรมนูญ สมัชชามีอำนาจในการแก้ไขรัฐธรรมนูญ ออกกฎหมาย และตรวจสอบการปฏิบัติงาน ตรวจสอบนโยบาบทั้งภายในและต่างประเทศ ปรับปรุงโครงการเกี่ยวกับเศรษฐกิจและวัฒนธรรม ควบคุมงบประมาณของรัฐ เลือกหรือปลดออกซึ่งสมาชิกภาพของสภาแห่งรัฐและสภารัฐมนตรี นอกจากนั้น ยังให้คำรับรองสนธิสัญญาที่ทำกับต่างประเทศ เช่นเดียวกับรัฐสังคมนิยมอื่น ๆ การทำงานจริง ๆ ของสมัชชาคือการออกกฎหมายและตรวจสอบการทำงานของสภาแห่งรัฐและสภารัฐมนตรี

สมัชชาแห่งชาติปกติประชุมปีละ 2 ครั้ง โดยมีหน้าที่พิจารณาเกี่ยวกับแผนงานของรัฐและงบประมาณ และให้ผ่านด้วยเสียงอย่างน้อยสองในสาม ตรวจสอบการทำงานที่เกี่ยวข้องกับต่างประเทศของสภารัฐมนตรี สภารัฐมนตรีไม่สามารถถอดถอนสมัชชาแห่งชาติได้ อย่างไรก็ตาม ใน พ.ศ. 2529 ได้มีการประกาศต่ออายุสมัชชาแห่งชาติออกไปอีก 5 ปี

สภาแห่งรัฐ

สมัชชาแห่งชาติเลือกตัวแทน 7 คนเข้าสู่สภาแห่งรัฐ ประธานสภาแห่งรัฐจะเป็นประมุขของประเทศ แต่อำนาจในการบังคับบัญชากองทัพสูงสุดถูกลบออกจากร่างสุดท้ายของรัฐธรรมนูญ สมาชิกสภาแห่งรัฐทั้ง 7 คน คือผู้นำที่มีอำนาจมากในสาธารณรัฐประชามานิตกัมพูชา มีอำนาจถอดถอนสมาชิกสภารัฐมนตรีได้

สภารัฐมนตรี

หน่วยงานที่มีอำนาจสูงสุดในรัฐบาลคือสภารัฐมนตรี ซึ่งในปลายปี พ.ศ. 2530 ประธานสภารัฐมนตรีคือฮุน เซน (ดำรงตำแหน่งตั้งแต่เดือนมกราคม พ.ศ. 2527) ซึ่งเทียบเท่ากับนายกรัฐมนตรี รองประธานสภาสองคน เทียบเท่ารองนายกรัฐมนตรี และมีรัฐมนตรี 20 คน สมัชชาแห่งชาติเป็นผู้เลือกสภารัฐมนตรี ให้ดำรงตำแหน่งวาระละ 5 ปี

สภารัฐมนตรีประชุมสัปดาห์ละครั้ง รัฐมนตรีในสภาจะรับผิดชอบในด้าน เกษตรกรรม การสื่อสาร คมนาคมและไปรษณีย์ การศึกษา การคลัง การต่างประเทศ สาธารณสุข การค้าภายในและต่างประเทศ อุตสาหกรรม สารสนเทศและวัฒนธรรม มหาดไทย ยุติธรรม การป้องกันประเทศ และกิจการสังคม นอกจากนั้น ยังมีรัฐมนตรีที่ดูแลทางด้านกิจกรรมการเกษตรและการปลูกยางพารา ซึ่งเพิ่มเข้าในสำนักงานของสภารัฐมนตรี เลขาธิการทั่วไปของสภารัฐมนตรี ซึ่งรับผิดชอบทางด้านการคมนาคมและเครือข่ายการป้องกันตามแนวชายแดนไทย-กัมพูชา และประธานธนาคารประชาชนแห่งชาติกัมพูชา

ศาลยุติธรรม

การฟื้นฟูระเบียบและกฎหมายเป็นภาระหลักของระบบเฮง สัมริน ตั้งแต่ พ.ศ. 2522 การบริหารงานยุติธรรมอยู่ในอำนาจของศาลประชาชนปฏิวัติ ซึ่งจัดตั้งขึ้นในพนมเปญ กฎหมายใหม่เริ่มประกาศใช้ในเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2525 ภายใต้กฎหมายนี้ ศาลประชาชนสูงสุดเป็นศาลสูงสุดของประเทศ

การแบ่งเขตบริหาร

ในปลายปี พ.ศ. 2530 การปกครองภายในประเทศถูกแบ่งเป็น 18 จังหวัด (เขต) และเขตบริหารพิเศษ 2 แห่ง (กรง) คือพนมเปญและกัมปงโสมที่อยู่ภายใต้การควบคุมของรัฐบาลกลางโดยตรง แต่ละจังหวัดแบ่งเป็น สรก (ตำบล) และขุม (ชุมชน) และภูมิ (หมู่บ้าน)

คณะกรรมการประชาชนปฏิวัติท้องถิ่น

เป็นส่วนที่มาจากการเลือกตั้ง ประกอบด้วยประธาน รองประธาน 1 คน และมีสมาชิก 11 คน คณะกรรมการนี้ มีทั้งในระดับจังหวัดและตำบลมีวาระ 5 ปี ส่วนในระดับชุมชนและหมู่บ้าน มีวาระ 3 ปี

กองทัพ

กองทัพของสาธารณรัฐประชามานิตกัมพูชาคือกองทัพปฏิวัติประชาชนกัมพูชา มีความจำเป็นในการสร้างภาพในการบริหารแบบนิยมเวียดนามในพนมเปญ ซึ่งเป็นไปตามระบบของโซเวียต การเกิดขึ้นของกองทัพภายในไม่ได้เป็นปัญหากับการยึดครองของเวียดนาม เพราะเวียดนามเคยมีประสบการณ์ในการฝึกหัดและร่วมมือทางทหารกับลาวมาก่อน

กองทัพปฏิวัติประชาชนกัมพูชาจัดตั้งขึ้นจากกองทัพที่เคยเป็นสมาชิกของเขมรแดงมาก่อน กองทัพนี้ได้รับการฝึกและสนับสนุนจากเวียดนาม แต่กองทัพนี้ก็อ่อนแอ ไร้ความสามารถที่จะต่อสู้กับเขมรสามฝ่ายได้โดยลำพัง ระบบของกองทัพมีระบบของศาลทหาร และระบบคุกทหาร[50] ต่อมา ใน พ.ศ. 2532 ได้มีการเปลี่ยนแปลงเกี่ยวกับกองทัพซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของการเตรียมตัวเพื่อเข้าสู่ข้อตกลงปารีส พ.ศ. 2534 มีการเปลี่ยนชื่อประเทศเป็นรัฐกัมพูชา กองทัพเปลี่ยนชื่อเป็นกองทัพประชาชนกัมพูชา หลังจากการเลือกตั้ง พ.ศ. 2536 กองทัพประชาชนกัมพูชาได้รวมเข้ากับกองทัพของฝ่ายนิยมเจ้า ชาตินิยม และกลุ่มอื่น เข้าเป็นกองทัพแห่งชาติ